| FA_PR25 | | FirstAuthor Protein Ontology 25 entries | 512 | | AikoHIRAKI | 2023-11-29 | Developing | |
| FA_Top100-Disease | | 1/2 FirstAuthor Top100 (201811-201910) for diseases
MONDO & HPO | 2.14 K | | AikoHIRAKI | 2023-11-29 | | |
| FA_Top100-Disease-keyword | | | 94 | | AikoHIRAKI | 2023-11-29 | Developing | |
| FA_Top100Plus-Disease | | 2/2 FirstAuthor Top100+7 for diseases
MONDO & HPO | 246 | | AikoHIRAKI | 2023-11-29 | Testing | |
| FA_Top100Plus-GeneProtein | | Top100＋本来Top100に入るべきだった７レビューの計、107レビュー中101レビュー。
5414, 6076, 6930, 8403, 9643, 18544は、0denotationでドキュメント自体登録していない。
attributesの詳細はconfig参照。
ドキュメントのソースDBが@AikoHIRAKIとなっているものはTypo修正がPubAnnotationの公式FirstAuthorsドキュメントに反映された段階で置き換えます。
| 10.4 K | | yucca | 2023-11-29 | Uploading | |
| FA_Top107-forWeb | | ※※※ ！要データ加工！ webリンク用には、この結果を加工して使っています。その他で使われる場合に、末尾記載の問題を別途解決する必要があります。 ！要データ加工！ ※※※
Top100＋本来Top100に入るべきだった７レビューの計、107レビュー中99レビュー。
5414, 6076, 6930, 8403, 9643, 12112, 18544, 18829は、0denotationでドキュメント自体登録していません。
@AikoHIRAKIはtypoを修正したレビューフォルダ。
attributesの詳細はconfig参照。
※※※ ！注意！
webリンク側のしばりで、選択文字列は複数のUniProtIDに対応していません。（例）Protein1～Protein7とある場合、
Protein1, 2, 3, 4, 5, 6, 7をさし、かつ全てにUniProtIDがあったとしても、1と7のみUniProtIDをとってきています。
"～"は、Protein2, 3, 4, 5, 6を意味していますが、positionではなく文字列で検索をかけているのと、見せ方の仕様上、これらのIDは全て未取得となっています。⇔GeneProteinでは"～"に2-6のIDsをもたせていました。
該当レビュー；14898(～=MAPK2, MAPK3, MAPK4, MAPK5, MAPK6), 10471(～=Ago2, Ago3)
---------------------------------------
（例）ProteinAB...ProteinCD...ProteinB...ProteinDとある場合、
ProteinABは、ProteinAとBというLexical_Cueになっています。ProteinCDも同様に、ProteinCとD。BとDだけでは、このレビュー内ではProteinBやProteinDをさすことが分かるのですが、それ以外で使用する場合に、BとDにそれぞれ該当UniProtIDをあてるのは不適切です。
該当レビュー；11957(β4=itgb4, β1=itgb1, β5=itgb5, β3=itgb3)
他の例が出てきたら順次、ここに記載していきます。当座、これらは削除する必要があります。
attributeで削除フラグをつけるか、Jakeの機能がTextAEに実装されれば解決するか、検討して、何かしら分かるようにしておきます。
（例）ProteinA/B とある場合、
webリンクでは、"ProteinA"にUniProtID-Aを、"/B"にUniProtID-Bをつけています（リンク側のしばり）。webリンク以外で使われる場合には、別プロジェクトのFA_Top100Plus-GeneProteinで行っていたようなRelationを使って、"/B"ではなく、"ProteinB"として、UniProtID-Bと対応させる必要があります。現状のとり方ですと、要Relation箇所は救済出来ません。
Lexical cueには"/B"とありますが、Objectには"ProteinB"と残してあるので、Objectを参照して下さい。
但し、言語処理のようなpositionがご入用な場合には上では対応出来ていません。
該当レビュー；11935(/4=BMP4), 14898(/2=LATS2), 7412(/2=TSC2), 4629(/2=CtBP2)
（webリンクでは、レビュー毎に完結しているので、"/B"がそのレビューで他の意味をなしていなければ対応出来るのと、文字列合致でリンクを貼っているためです。）
！注意！ ※※※
RelationのmergedはTextAEの既存機能で既に出来ます。 | 10.3 K | | AikoHIRAKI | 2023-11-29 | Beta | |
| Find2ER | | Find the Findings of Enzymatic Reaction | 0 | Akihiro Kameda | Akihiro Kameda | 2023-11-26 | Testing | |
| FirstAuthor10 | | FirstAuthor10 | 4.78 K | | AikoHIRAKI | 2023-11-29 | Developing | |
| FirstAuthor_s | | 新着論文レビューで疾患名のあるレビューにおけるUniProtIDと薬剤等化合物日化辞ID (Japanese) | 39.3 K | | AikoHIRAKI | 2023-11-29 | Developing | |
| FirstAuthor_s_Plants | | For only Plants | 4.3 K | | AikoHIRAKI | 2023-11-29 | Testing | |
| Fragaria_ananassa_genes | | | 0 | | hidekih15 | 2023-11-28 | | |
| Frame annotation ver1 | | | 0 | Younggyun Hahm | kaist_nlp | 2023-11-29 | Testing | |
| FSU-PRGE | | A new broad-coverage corpus composed of 3,306 MEDLINE abstracts dealing with gene and protein mentions.
The annotation process was semi-automatic.
Publication: http://aclweb.org/anthology/W/W10/W10-1838.pdf | 59.5 K | CALBC Project | Yue Wang | 2023-11-26 | Released | |
| funRiceGenes-all | | | 1.51 K | PubDictionaries | Yue Wang | 2023-11-29 | Developing | |
| funRiceGenes-exact | | | 841 | | Yue Wang | 2023-11-28 | Developing | |
| Gene_Chemical | | EMU abstract annotation | 0 | | zhoukaiyin | 2023-11-29 | Developing | |
| geneset_names | | | 0 | | alo33 | 2022-04-26 | Released | |
| GENIAcorpus | | multi_cell (1,782)
mono_cell (222)
virus (2,136)
protein_family_or_group (8,002)
protein_complex (2,394)
protein_molecule (21,290)
protein_subunit (942)
protein_substructure (129)
protein_domain_or_region (1,044)
protein_other (97)
peptide (521)
amino_acid_monomer (784)
DNA_family_or_group (332)
DNA_molecule (664)
DNA_substructure (2)
DNA_domain_or_region (39)
DNA_other (16)
RNA_family_or_group (1,545)
RNA_molecule (554)
RNA_substructure (106)
RNA_domain_or_region (8,237)
RNA_other (48)
polynucleotide (259)
nucleotide (243)
lipid (2,375)
carbohydrate (99)
other_organic_compound (4,113)
body_part (461)
tissue (706)
cell_type (7,473)
cell_component (679)
cell_line (4,129)
other_artificial_source (211)
inorganic (258)
atom (342)
other (21,056)
| 78.9 K | GENIA Project | Yue Wang | 2023-11-29 | Released | |
| genia-medco-coref | | Coreference annotation made to the Genia corpus, following the MUC annotation scheme. It is a product of the collaboration between the Genia and the MedCo projects. | 45.9 K | MedCo project & Genia project | Jin-Dong Kim | 2023-11-24 | Developing | |
| Genomics_fulltext | | | 0 | | Sophie Nam | 2023-11-29 | | |
