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Objetivo: Examinar la contribución de los polimorfismos G20210A, G1691A y G10976A en los factores de coagulación FII, FV y FVII respectivamente; Glu298Asp y C677T en la óxido nítrico sintasa endotelial y 5,10 metilentetrahidrofolato reductasa, en población joven mexicana con infarto cerebral (IC). Método: Se incluyeron 224 pacientes ≤ 45 años de edad con diagnóstico de IC y 224 controles pareados por edad y sexo, de 2006 a 2014. Los polimorfismos fueron determinados por la técnica de reacción en cadena de la polimerasa-polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción. Resultados: Identificamos una diferencia significativa en la distribución genotípica de los polimorfismos Glu298Asp (p = 0.001) y C677T (p = 0.01) entre el grupo de pacientes con IC y el control. La distribución genotípica de los polimorfismos FII G20210A, FV G1691A y FVII G10976A fue similar entre ambos grupos. Se identificaron como factores independientes de IC los polimorfismos Glu298Asp y C677T, el tabaquismo, la hipertensión y el antecedente de familiar de enfermedad trombótica. Conclusiones: Los polimorfismos Glu298Asp y C677T, pero no FII G20210A, FV G1691A y FVII G10976A, se asociaron con IC. Nuestros resultados sugieren que la disfunción endotelial en interacción sinérgica con otros factores de riesgo, como tabaquismo e hipertensión, contribuye al IC en individuos jóvenes.