| consensus_PMA_Age_Indications | | | 1.7 K | | laurenc | 2023-11-28 | Beta | |
| LitCovid-sample-PD-IDO | | | 1.27 K | | Jin-Dong Kim | 2023-11-28 | Beta | |
| LitCovid-PAS-Enju | | Predicate-argument structure annotation produced by the Enju parser. | 125 K | | Jin-Dong Kim | 2023-11-28 | Beta | |
| LitCovid-sample-PD-FMA | | | 1.93 K | | Jin-Dong Kim | 2023-11-28 | Beta | |
| LitCovid-sample-PD-UBERON | | PubDictionaries annotation for UBERON terms - updated at 2020-04-30
It is annotation for anatomical entities based on Uberon.
The terms in Uberon are uploaded in PubDictionaries
(Uberon),
with which the annotations in this project are produced.
The parameter configuration used for this project is
here.
Note that it is an automatically generated dictionary-based annotation.
It will be updated periodically, as the documents are increased, and the dictionary is improved.
| 310 | | Jin-Dong Kim | 2023-11-28 | Beta | |
| sonoma2 | | sonoma2 | 9.09 K | Standigm | chanung | 2023-11-29 | Beta | |
| bionlp-st-ge-2016-uniprot | | UniProt protein annotation to the benchmark data set of BioNLP-ST 2016 GE task: reference data set (bionlp-st-ge-2016-reference) and test data set (bionlp-st-ge-2016-test).
The annotations are produced based on a dictionary which is semi-automatically compiled for the 34 full paper articles included in the benchmark data set (20 in the reference data set + 14 in the test data set).
For detailed information about BioNLP-ST GE 2016 task data sets, please refer to the benchmark reference data set (bionlp-st-ge-2016-reference) and benchmark test data set (bionlp-st-ge-2016-test).
| 16.2 K | DBCLS | Jin-Dong Kim | 2023-11-29 | Beta | |
| blah6_medical_device | | BLAH6 hackathon project to annotate medical device indications in premarket approval statement summaries. The documents in this project serve as a corpus of premarket approval (PMA) statements that have undergone quality control. In particular, we have (1) removed non-ascii characters, (2) fixed some text segmentation errors, and (3) fixed some capitalization errors. | 0 | Stefano Rensi | therightstef | 2023-11-29 | Beta | |
| TEST-ChemicalEntity | | ChemicalEntity : Annotated by PD-MeSH2022_CHEBI_tuned-B | 827 | | yucca | 2023-11-29 | Beta | |
| QFMC_MEDLINE | | Quaero French Medical Corpus:
Annotation of MEDLINE titles | 5.9 K | Aurélie Névéol | Pierre Zweigenbaum | 2023-11-29 | Beta | |
| LitCovid-sample-PD-GO-BP-0 | | | 708 | | Jin-Dong Kim | 2023-11-29 | Beta | |
| LitCovid-sample-PD-NCBITaxon | | | 1.35 K | | Jin-Dong Kim | 2023-11-29 | Beta | |
| LitCovid-sample-sentences | | | 2.3 K | | Jin-Dong Kim | 2023-11-29 | Beta | |
| LitCovid_Glycan-Motif-Structure | | PubDictionaries annotation for glycan-Motif terms. | 6.51 K | | ISSAKU YAMADA | 2023-11-29 | Beta | |
| FA_Top107-forWeb | | ※※※ ！要データ加工！ webリンク用には、この結果を加工して使っています。その他で使われる場合に、末尾記載の問題を別途解決する必要があります。 ！要データ加工！ ※※※
Top100＋本来Top100に入るべきだった７レビューの計、107レビュー中99レビュー。
5414, 6076, 6930, 8403, 9643, 12112, 18544, 18829は、0denotationでドキュメント自体登録していません。
@AikoHIRAKIはtypoを修正したレビューフォルダ。
attributesの詳細はconfig参照。
※※※ ！注意！
webリンク側のしばりで、選択文字列は複数のUniProtIDに対応していません。（例）Protein1～Protein7とある場合、
Protein1, 2, 3, 4, 5, 6, 7をさし、かつ全てにUniProtIDがあったとしても、1と7のみUniProtIDをとってきています。
"～"は、Protein2, 3, 4, 5, 6を意味していますが、positionではなく文字列で検索をかけているのと、見せ方の仕様上、これらのIDは全て未取得となっています。⇔GeneProteinでは"～"に2-6のIDsをもたせていました。
該当レビュー；14898(～=MAPK2, MAPK3, MAPK4, MAPK5, MAPK6), 10471(～=Ago2, Ago3)
---------------------------------------
（例）ProteinAB...ProteinCD...ProteinB...ProteinDとある場合、
ProteinABは、ProteinAとBというLexical_Cueになっています。ProteinCDも同様に、ProteinCとD。BとDだけでは、このレビュー内ではProteinBやProteinDをさすことが分かるのですが、それ以外で使用する場合に、BとDにそれぞれ該当UniProtIDをあてるのは不適切です。
該当レビュー；11957(β4=itgb4, β1=itgb1, β5=itgb5, β3=itgb3)
他の例が出てきたら順次、ここに記載していきます。当座、これらは削除する必要があります。
attributeで削除フラグをつけるか、Jakeの機能がTextAEに実装されれば解決するか、検討して、何かしら分かるようにしておきます。
（例）ProteinA/B とある場合、
webリンクでは、"ProteinA"にUniProtID-Aを、"/B"にUniProtID-Bをつけています（リンク側のしばり）。webリンク以外で使われる場合には、別プロジェクトのFA_Top100Plus-GeneProteinで行っていたようなRelationを使って、"/B"ではなく、"ProteinB"として、UniProtID-Bと対応させる必要があります。現状のとり方ですと、要Relation箇所は救済出来ません。
Lexical cueには"/B"とありますが、Objectには"ProteinB"と残してあるので、Objectを参照して下さい。
但し、言語処理のようなpositionがご入用な場合には上では対応出来ていません。
該当レビュー；11935(/4=BMP4), 14898(/2=LATS2), 7412(/2=TSC2), 4629(/2=CtBP2)
（webリンクでは、レビュー毎に完結しているので、"/B"がそのレビューで他の意味をなしていなければ対応出来るのと、文字列合致でリンクを貼っているためです。）
！注意！ ※※※
RelationのmergedはTextAEの既存機能で既に出来ます。 | 10.3 K | | AikoHIRAKI | 2023-11-29 | Beta | |
| Genomics_Informatics | | Genomics & Informatics (NLM title abbreviation: Genomics Inform) is the official journal of the Korea Genome Organization.
Text corpus for this journal annotated with various levels of linguistic information would be a valuable resource as the process of information extraction requires syntactic, semantic, and higher levels of natural language processing. In this study, we publish our new corpus called GNI Corpus version 1.0, extracted and annotated from full texts of Genomics & Informatics, with NLTK (Natural Language ToolKit)-based text mining script. The preliminary version of the corpus could be used as a training and testing set of a system that serves a variety of functions for future biomedical text mining. | 35.3 K | Hyun-Seok Park | ewha-bio | 2023-11-29 | Beta | |
| Age_blah | | | 1.9 K | | slee7268 | 2023-11-29 | Beta | |
| Ab3P-abbreviations | | This corpus was developed during the creation of the Ab3P abbreviation definition identification tool. It includes 1250 manually annotated MEDLINE records. This gold standard includes 1221 abbreviation-definition pairs.
Abbreviation definition identification based on automatic precision estimates
Sunghwan Sohn, Donald C Comeau, Won Kim and W John Wilbur
BMC Bioinformatics20089:402
DOI: 10.1186/1471-2105-9-402 | 2.33 K | Sunghwan Sohn, Donald C Comeau, Won Kim and W John Wilbur | comeau | 2023-11-29 | Beta | |
| GoldHamster | | | 285 K | | zebet | 2023-11-29 | Beta | |
| IMDB-NLP | | Annotations for chunking and semantic role labeling based on in-memory databases. | 0 | | | 2016-05-06 | Uploading | |
