PMC:7224657 / 1020-3990 JSONTXT

Annnotations TAB JSON ListView MergeView

    LitCovid-PubTator

    {"project":"LitCovid-PubTator","denotations":[{"id":"24","span":{"begin":2951,"end":2960},"obj":"Disease"},{"id":"25","span":{"begin":2961,"end":2969},"obj":"Disease"},{"id":"39","span":{"begin":15,"end":18},"obj":"Gene"},{"id":"41","span":{"begin":1887,"end":1890},"obj":"Gene"},{"id":"42","span":{"begin":2147,"end":2150},"obj":"Gene"},{"id":"43","span":{"begin":230,"end":237},"obj":"Disease"},{"id":"44","span":{"begin":286,"end":298},"obj":"Disease"},{"id":"45","span":{"begin":776,"end":784},"obj":"Disease"},{"id":"46","span":{"begin":1016,"end":1023},"obj":"Disease"},{"id":"47","span":{"begin":1652,"end":1661},"obj":"Disease"},{"id":"48","span":{"begin":1662,"end":1670},"obj":"Disease"},{"id":"49","span":{"begin":1958,"end":1966},"obj":"Disease"},{"id":"50","span":{"begin":2410,"end":2417},"obj":"Disease"},{"id":"51","span":{"begin":2674,"end":2682},"obj":"Disease"}],"attributes":[{"id":"A24","pred":"tao:has_database_id","subj":"24","obj":"MESH:D007239"},{"id":"A25","pred":"tao:has_database_id","subj":"25","obj":"MESH:C000657245"},{"id":"A39","pred":"tao:has_database_id","subj":"39","obj":"Gene:4311"},{"id":"A41","pred":"tao:has_database_id","subj":"41","obj":"Gene:1401"},{"id":"A42","pred":"tao:has_database_id","subj":"42","obj":"Gene:2525"},{"id":"A44","pred":"tao:has_database_id","subj":"44","obj":"MESH:D006973"},{"id":"A45","pred":"tao:has_database_id","subj":"45","obj":"MESH:C000657245"},{"id":"A46","pred":"tao:has_database_id","subj":"46","obj":"MESH:D009369"},{"id":"A47","pred":"tao:has_database_id","subj":"47","obj":"MESH:D007239"},{"id":"A48","pred":"tao:has_database_id","subj":"48","obj":"MESH:C000657245"},{"id":"A49","pred":"tao:has_database_id","subj":"49","obj":"MESH:C000657245"},{"id":"A51","pred":"tao:has_database_id","subj":"51","obj":"MESH:C000657245"}],"namespaces":[{"prefix":"Tax","uri":"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/"},{"prefix":"MESH","uri":"https://id.nlm.nih.gov/mesh/"},{"prefix":"Gene","uri":"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/"},{"prefix":"CVCL","uri":"https://web.expasy.org/cellosaurus/CVCL_"}],"text":"2 Observation\nMme V., patiente de 73 ans, est atteinte d’un adénocarcinome séreux de haut grade d’origine péritonéale de stade FIGO IVa, avec atteinte prédominante des coupoles diaphragmatiques. Dans ses antécédents, on note une obésité morbide (IMC 40 kg/m2), une dyslipidémie et une hypertension artérielle. Une réévaluation scannographique est réalisée après six cures de chimiothérapie néo-adjuvante par carboplatine et paclitaxel, trois semaines avant la chirurgie, et objective une réponse partielle sans atteinte parenchymateuse notamment pulmonaire (Fig. 1 ). Une chirurgie de cytoréduction tumorale de clôture est décidée après avis de la RCP. À son admission, la patiente est asymptomatique. L’examen clinique est normal. Elle ne rapporte pas de contage infectieux COVID-19. L’intervention chirurgicale du lendemain est donc maintenue. Une omentectomie infra-gastrique avec péritonectomie diaphragmatique bilatérale par cœlioscopie sont alors réalisées le 24/03/2020, sans difficultés majeures. Le résidu tumoral est jugé nul en fin d’intervention. Deux culots globulaires sont transfusés en post-opératoire en raison d’un saignement per-opératoire estimé à 650 cc, secondaire à la péritonectomie diaphragmatique. À J1, en raison d’une hypoxie, une oxygénothérapie aux lunettes à raison de 2L d’O2/min est instaurée. Elle présente une fébricule à 38,0 °C et des crépitants bi-basaux de faible intensité à l’auscultation pulmonaire. Le scanner thoracique montre une atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire à type d’opacité en verre dépoli, en plage, de topographie sous-pleurale, à prédominance inférieure, compatible avec une infection COVID-19 (Fig. 2 ). La PCR par frottis naso-pharyngé confirme le diagnostic. Le bilan biologique retrouve une pancytopénie (leucopénie à 2000/mm3, lymphopénie à 250/mm3, anémie à 7,8 g/dL et thrombopénie à 61 000/mm3) et une CRP augmentée à 42,9 mg/L. La patiente est transférée dans notre unité COVID-19. Une bi-antibiothérapie par céfotaxime et spiramycine est instaurée à J1 et de l’hydroxychloroquine à J3, conformément au protocole anesthésique en cours dans notre établissement. Les hémocultures sont stériles et l’antigénurie légionnelle est négative. La patiente est de plus en plus oxygéno-réquérante (majoration progressive de l’oxygénothérapie jusqu’à 70L d’O2/min à l’optiflow). Compte tenu de son âge et de ses comorbidités, notamment obésité et pathologie carcinologique ; l’indication d’une prise en charge réanimatoire n’est collégialement pas retenue. La patiente décède d’un arrêt cardio- respiratoire hypoxique le 03/04/2020, soit à J10 de l’intervention chirurgicale et à J9 du diagnostic de COVID-19.\nFig. 1 Scanner thoracique du 12/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : parenchyme pulmonaire sain.\nFig. 2 Scanner thoracique du 25/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire compatible avec une infection COVID-19."}

    LitCovid-PD-FMA-UBERON

    {"project":"LitCovid-PD-FMA-UBERON","denotations":[{"id":"T4","span":{"begin":2147,"end":2150},"obj":"Body_part"}],"attributes":[{"id":"A4","pred":"fma_id","subj":"T4","obj":"http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048"}],"text":"2 Observation\nMme V., patiente de 73 ans, est atteinte d’un adénocarcinome séreux de haut grade d’origine péritonéale de stade FIGO IVa, avec atteinte prédominante des coupoles diaphragmatiques. Dans ses antécédents, on note une obésité morbide (IMC 40 kg/m2), une dyslipidémie et une hypertension artérielle. Une réévaluation scannographique est réalisée après six cures de chimiothérapie néo-adjuvante par carboplatine et paclitaxel, trois semaines avant la chirurgie, et objective une réponse partielle sans atteinte parenchymateuse notamment pulmonaire (Fig. 1 ). Une chirurgie de cytoréduction tumorale de clôture est décidée après avis de la RCP. À son admission, la patiente est asymptomatique. L’examen clinique est normal. Elle ne rapporte pas de contage infectieux COVID-19. L’intervention chirurgicale du lendemain est donc maintenue. Une omentectomie infra-gastrique avec péritonectomie diaphragmatique bilatérale par cœlioscopie sont alors réalisées le 24/03/2020, sans difficultés majeures. Le résidu tumoral est jugé nul en fin d’intervention. Deux culots globulaires sont transfusés en post-opératoire en raison d’un saignement per-opératoire estimé à 650 cc, secondaire à la péritonectomie diaphragmatique. À J1, en raison d’une hypoxie, une oxygénothérapie aux lunettes à raison de 2L d’O2/min est instaurée. Elle présente une fébricule à 38,0 °C et des crépitants bi-basaux de faible intensité à l’auscultation pulmonaire. Le scanner thoracique montre une atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire à type d’opacité en verre dépoli, en plage, de topographie sous-pleurale, à prédominance inférieure, compatible avec une infection COVID-19 (Fig. 2 ). La PCR par frottis naso-pharyngé confirme le diagnostic. Le bilan biologique retrouve une pancytopénie (leucopénie à 2000/mm3, lymphopénie à 250/mm3, anémie à 7,8 g/dL et thrombopénie à 61 000/mm3) et une CRP augmentée à 42,9 mg/L. La patiente est transférée dans notre unité COVID-19. Une bi-antibiothérapie par céfotaxime et spiramycine est instaurée à J1 et de l’hydroxychloroquine à J3, conformément au protocole anesthésique en cours dans notre établissement. Les hémocultures sont stériles et l’antigénurie légionnelle est négative. La patiente est de plus en plus oxygéno-réquérante (majoration progressive de l’oxygénothérapie jusqu’à 70L d’O2/min à l’optiflow). Compte tenu de son âge et de ses comorbidités, notamment obésité et pathologie carcinologique ; l’indication d’une prise en charge réanimatoire n’est collégialement pas retenue. La patiente décède d’un arrêt cardio- respiratoire hypoxique le 03/04/2020, soit à J10 de l’intervention chirurgicale et à J9 du diagnostic de COVID-19.\nFig. 1 Scanner thoracique du 12/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : parenchyme pulmonaire sain.\nFig. 2 Scanner thoracique du 25/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire compatible avec une infection COVID-19."}

    LitCovid-PD-UBERON

    {"project":"LitCovid-PD-UBERON","denotations":[{"id":"T2","span":{"begin":1040,"end":1043},"obj":"Body_part"}],"attributes":[{"id":"A2","pred":"uberon_id","subj":"T2","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0008897"}],"text":"2 Observation\nMme V., patiente de 73 ans, est atteinte d’un adénocarcinome séreux de haut grade d’origine péritonéale de stade FIGO IVa, avec atteinte prédominante des coupoles diaphragmatiques. Dans ses antécédents, on note une obésité morbide (IMC 40 kg/m2), une dyslipidémie et une hypertension artérielle. Une réévaluation scannographique est réalisée après six cures de chimiothérapie néo-adjuvante par carboplatine et paclitaxel, trois semaines avant la chirurgie, et objective une réponse partielle sans atteinte parenchymateuse notamment pulmonaire (Fig. 1 ). Une chirurgie de cytoréduction tumorale de clôture est décidée après avis de la RCP. À son admission, la patiente est asymptomatique. L’examen clinique est normal. Elle ne rapporte pas de contage infectieux COVID-19. L’intervention chirurgicale du lendemain est donc maintenue. Une omentectomie infra-gastrique avec péritonectomie diaphragmatique bilatérale par cœlioscopie sont alors réalisées le 24/03/2020, sans difficultés majeures. Le résidu tumoral est jugé nul en fin d’intervention. Deux culots globulaires sont transfusés en post-opératoire en raison d’un saignement per-opératoire estimé à 650 cc, secondaire à la péritonectomie diaphragmatique. À J1, en raison d’une hypoxie, une oxygénothérapie aux lunettes à raison de 2L d’O2/min est instaurée. Elle présente une fébricule à 38,0 °C et des crépitants bi-basaux de faible intensité à l’auscultation pulmonaire. Le scanner thoracique montre une atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire à type d’opacité en verre dépoli, en plage, de topographie sous-pleurale, à prédominance inférieure, compatible avec une infection COVID-19 (Fig. 2 ). La PCR par frottis naso-pharyngé confirme le diagnostic. Le bilan biologique retrouve une pancytopénie (leucopénie à 2000/mm3, lymphopénie à 250/mm3, anémie à 7,8 g/dL et thrombopénie à 61 000/mm3) et une CRP augmentée à 42,9 mg/L. La patiente est transférée dans notre unité COVID-19. Une bi-antibiothérapie par céfotaxime et spiramycine est instaurée à J1 et de l’hydroxychloroquine à J3, conformément au protocole anesthésique en cours dans notre établissement. Les hémocultures sont stériles et l’antigénurie légionnelle est négative. La patiente est de plus en plus oxygéno-réquérante (majoration progressive de l’oxygénothérapie jusqu’à 70L d’O2/min à l’optiflow). Compte tenu de son âge et de ses comorbidités, notamment obésité et pathologie carcinologique ; l’indication d’une prise en charge réanimatoire n’est collégialement pas retenue. La patiente décède d’un arrêt cardio- respiratoire hypoxique le 03/04/2020, soit à J10 de l’intervention chirurgicale et à J9 du diagnostic de COVID-19.\nFig. 1 Scanner thoracique du 12/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : parenchyme pulmonaire sain.\nFig. 2 Scanner thoracique du 25/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire compatible avec une infection COVID-19."}

    LitCovid-PD-MONDO

    {"project":"LitCovid-PD-MONDO","denotations":[{"id":"T9","span":{"begin":286,"end":298},"obj":"Disease"},{"id":"T10","span":{"begin":776,"end":784},"obj":"Disease"},{"id":"T11","span":{"begin":1652,"end":1661},"obj":"Disease"},{"id":"T12","span":{"begin":1662,"end":1670},"obj":"Disease"},{"id":"T13","span":{"begin":1958,"end":1966},"obj":"Disease"},{"id":"T14","span":{"begin":2674,"end":2682},"obj":"Disease"},{"id":"T15","span":{"begin":2951,"end":2960},"obj":"Disease"},{"id":"T16","span":{"begin":2961,"end":2969},"obj":"Disease"}],"attributes":[{"id":"A9","pred":"mondo_id","subj":"T9","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005044"},{"id":"A10","pred":"mondo_id","subj":"T10","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096"},{"id":"A11","pred":"mondo_id","subj":"T11","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005550"},{"id":"A12","pred":"mondo_id","subj":"T12","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096"},{"id":"A13","pred":"mondo_id","subj":"T13","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096"},{"id":"A14","pred":"mondo_id","subj":"T14","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096"},{"id":"A15","pred":"mondo_id","subj":"T15","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005550"},{"id":"A16","pred":"mondo_id","subj":"T16","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096"}],"text":"2 Observation\nMme V., patiente de 73 ans, est atteinte d’un adénocarcinome séreux de haut grade d’origine péritonéale de stade FIGO IVa, avec atteinte prédominante des coupoles diaphragmatiques. Dans ses antécédents, on note une obésité morbide (IMC 40 kg/m2), une dyslipidémie et une hypertension artérielle. Une réévaluation scannographique est réalisée après six cures de chimiothérapie néo-adjuvante par carboplatine et paclitaxel, trois semaines avant la chirurgie, et objective une réponse partielle sans atteinte parenchymateuse notamment pulmonaire (Fig. 1 ). Une chirurgie de cytoréduction tumorale de clôture est décidée après avis de la RCP. À son admission, la patiente est asymptomatique. L’examen clinique est normal. Elle ne rapporte pas de contage infectieux COVID-19. L’intervention chirurgicale du lendemain est donc maintenue. Une omentectomie infra-gastrique avec péritonectomie diaphragmatique bilatérale par cœlioscopie sont alors réalisées le 24/03/2020, sans difficultés majeures. Le résidu tumoral est jugé nul en fin d’intervention. Deux culots globulaires sont transfusés en post-opératoire en raison d’un saignement per-opératoire estimé à 650 cc, secondaire à la péritonectomie diaphragmatique. À J1, en raison d’une hypoxie, une oxygénothérapie aux lunettes à raison de 2L d’O2/min est instaurée. Elle présente une fébricule à 38,0 °C et des crépitants bi-basaux de faible intensité à l’auscultation pulmonaire. Le scanner thoracique montre une atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire à type d’opacité en verre dépoli, en plage, de topographie sous-pleurale, à prédominance inférieure, compatible avec une infection COVID-19 (Fig. 2 ). La PCR par frottis naso-pharyngé confirme le diagnostic. Le bilan biologique retrouve une pancytopénie (leucopénie à 2000/mm3, lymphopénie à 250/mm3, anémie à 7,8 g/dL et thrombopénie à 61 000/mm3) et une CRP augmentée à 42,9 mg/L. La patiente est transférée dans notre unité COVID-19. Une bi-antibiothérapie par céfotaxime et spiramycine est instaurée à J1 et de l’hydroxychloroquine à J3, conformément au protocole anesthésique en cours dans notre établissement. Les hémocultures sont stériles et l’antigénurie légionnelle est négative. La patiente est de plus en plus oxygéno-réquérante (majoration progressive de l’oxygénothérapie jusqu’à 70L d’O2/min à l’optiflow). Compte tenu de son âge et de ses comorbidités, notamment obésité et pathologie carcinologique ; l’indication d’une prise en charge réanimatoire n’est collégialement pas retenue. La patiente décède d’un arrêt cardio- respiratoire hypoxique le 03/04/2020, soit à J10 de l’intervention chirurgicale et à J9 du diagnostic de COVID-19.\nFig. 1 Scanner thoracique du 12/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : parenchyme pulmonaire sain.\nFig. 2 Scanner thoracique du 25/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire compatible avec une infection COVID-19."}

    LitCovid-PD-CLO

    {"project":"LitCovid-PD-CLO","denotations":[{"id":"T5","span":{"begin":475,"end":484},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000030"},{"id":"T6","span":{"begin":654,"end":655},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T7","span":{"begin":738,"end":740},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149"},{"id":"T8","span":{"begin":1037,"end":1039},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161"},{"id":"T9","span":{"begin":1100,"end":1102},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161"},{"id":"T10","span":{"begin":1119,"end":1121},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161"},{"id":"T11","span":{"begin":1167,"end":1168},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T12","span":{"begin":1188,"end":1189},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T13","span":{"begin":1225,"end":1226},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T14","span":{"begin":1227,"end":1229},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0006987"},{"id":"T15","span":{"begin":1231,"end":1233},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161"},{"id":"T16","span":{"begin":1289,"end":1290},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T17","span":{"begin":1356,"end":1357},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T18","span":{"begin":1414,"end":1415},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T19","span":{"begin":1499,"end":1500},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T20","span":{"begin":1531,"end":1532},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T21","span":{"begin":1548,"end":1550},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161"},{"id":"T22","span":{"begin":1565,"end":1567},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161"},{"id":"T23","span":{"begin":1605,"end":1606},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T24","span":{"begin":1797,"end":1798},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T25","span":{"begin":1821,"end":1822},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T26","span":{"begin":1839,"end":1840},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T27","span":{"begin":1866,"end":1867},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T28","span":{"begin":1901,"end":1902},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T29","span":{"begin":2035,"end":2036},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T30","span":{"begin":2037,"end":2039},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0006987"},{"id":"T31","span":{"begin":2067,"end":2068},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T32","span":{"begin":2112,"end":2114},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161"},{"id":"T33","span":{"begin":2245,"end":2247},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161"},{"id":"T34","span":{"begin":2338,"end":2339},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T35","span":{"begin":2474,"end":2476},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161"},{"id":"T36","span":{"begin":2612,"end":2613},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T37","span":{"begin":2652,"end":2653},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"},{"id":"T38","span":{"begin":2788,"end":2792},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008945"},{"id":"T39","span":{"begin":2899,"end":2900},"obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020"}],"text":"2 Observation\nMme V., patiente de 73 ans, est atteinte d’un adénocarcinome séreux de haut grade d’origine péritonéale de stade FIGO IVa, avec atteinte prédominante des coupoles diaphragmatiques. Dans ses antécédents, on note une obésité morbide (IMC 40 kg/m2), une dyslipidémie et une hypertension artérielle. Une réévaluation scannographique est réalisée après six cures de chimiothérapie néo-adjuvante par carboplatine et paclitaxel, trois semaines avant la chirurgie, et objective une réponse partielle sans atteinte parenchymateuse notamment pulmonaire (Fig. 1 ). Une chirurgie de cytoréduction tumorale de clôture est décidée après avis de la RCP. À son admission, la patiente est asymptomatique. L’examen clinique est normal. Elle ne rapporte pas de contage infectieux COVID-19. L’intervention chirurgicale du lendemain est donc maintenue. Une omentectomie infra-gastrique avec péritonectomie diaphragmatique bilatérale par cœlioscopie sont alors réalisées le 24/03/2020, sans difficultés majeures. Le résidu tumoral est jugé nul en fin d’intervention. Deux culots globulaires sont transfusés en post-opératoire en raison d’un saignement per-opératoire estimé à 650 cc, secondaire à la péritonectomie diaphragmatique. À J1, en raison d’une hypoxie, une oxygénothérapie aux lunettes à raison de 2L d’O2/min est instaurée. Elle présente une fébricule à 38,0 °C et des crépitants bi-basaux de faible intensité à l’auscultation pulmonaire. Le scanner thoracique montre une atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire à type d’opacité en verre dépoli, en plage, de topographie sous-pleurale, à prédominance inférieure, compatible avec une infection COVID-19 (Fig. 2 ). La PCR par frottis naso-pharyngé confirme le diagnostic. Le bilan biologique retrouve une pancytopénie (leucopénie à 2000/mm3, lymphopénie à 250/mm3, anémie à 7,8 g/dL et thrombopénie à 61 000/mm3) et une CRP augmentée à 42,9 mg/L. La patiente est transférée dans notre unité COVID-19. Une bi-antibiothérapie par céfotaxime et spiramycine est instaurée à J1 et de l’hydroxychloroquine à J3, conformément au protocole anesthésique en cours dans notre établissement. Les hémocultures sont stériles et l’antigénurie légionnelle est négative. La patiente est de plus en plus oxygéno-réquérante (majoration progressive de l’oxygénothérapie jusqu’à 70L d’O2/min à l’optiflow). Compte tenu de son âge et de ses comorbidités, notamment obésité et pathologie carcinologique ; l’indication d’une prise en charge réanimatoire n’est collégialement pas retenue. La patiente décède d’un arrêt cardio- respiratoire hypoxique le 03/04/2020, soit à J10 de l’intervention chirurgicale et à J9 du diagnostic de COVID-19.\nFig. 1 Scanner thoracique du 12/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : parenchyme pulmonaire sain.\nFig. 2 Scanner thoracique du 25/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire compatible avec une infection COVID-19."}

    LitCovid-PD-CHEBI

    {"project":"LitCovid-PD-CHEBI","denotations":[{"id":"T4","span":{"begin":311,"end":314},"obj":"Chemical"},{"id":"T5","span":{"begin":425,"end":435},"obj":"Chemical"},{"id":"T6","span":{"begin":569,"end":572},"obj":"Chemical"},{"id":"T7","span":{"begin":847,"end":850},"obj":"Chemical"},{"id":"T8","span":{"begin":1037,"end":1039},"obj":"Chemical"},{"id":"T9","span":{"begin":1100,"end":1102},"obj":"Chemical"},{"id":"T10","span":{"begin":1119,"end":1121},"obj":"Chemical"},{"id":"T11","span":{"begin":1231,"end":1233},"obj":"Chemical"},{"id":"T12","span":{"begin":1548,"end":1550},"obj":"Chemical"},{"id":"T13","span":{"begin":1565,"end":1567},"obj":"Chemical"},{"id":"T14","span":{"begin":1682,"end":1684},"obj":"Chemical"},{"id":"T15","span":{"begin":1914,"end":1916},"obj":"Chemical"},{"id":"T16","span":{"begin":1968,"end":1971},"obj":"Chemical"},{"id":"T17","span":{"begin":2112,"end":2114},"obj":"Chemical"},{"id":"T18","span":{"begin":2221,"end":2223},"obj":"Chemical"},{"id":"T19","span":{"begin":2245,"end":2247},"obj":"Chemical"},{"id":"T20","span":{"begin":2474,"end":2476},"obj":"Chemical"},{"id":"T21","span":{"begin":2531,"end":2533},"obj":"Chemical"}],"attributes":[{"id":"A4","pred":"chebi_id","subj":"T4","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361"},{"id":"A5","pred":"chebi_id","subj":"T5","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_45863"},{"id":"A6","pred":"chebi_id","subj":"T6","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361"},{"id":"A7","pred":"chebi_id","subj":"T7","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361"},{"id":"A8","pred":"chebi_id","subj":"T8","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347"},{"id":"A9","pred":"chebi_id","subj":"T9","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347"},{"id":"A10","pred":"chebi_id","subj":"T10","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347"},{"id":"A11","pred":"chebi_id","subj":"T11","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347"},{"id":"A12","pred":"chebi_id","subj":"T12","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347"},{"id":"A13","pred":"chebi_id","subj":"T13","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347"},{"id":"A14","pred":"chebi_id","subj":"T14","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336"},{"id":"A15","pred":"chebi_id","subj":"T15","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336"},{"id":"A16","pred":"chebi_id","subj":"T16","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361"},{"id":"A17","pred":"chebi_id","subj":"T17","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347"},{"id":"A18","pred":"chebi_id","subj":"T18","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336"},{"id":"A19","pred":"chebi_id","subj":"T19","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347"},{"id":"A20","pred":"chebi_id","subj":"T20","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347"},{"id":"A21","pred":"chebi_id","subj":"T21","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336"}],"text":"2 Observation\nMme V., patiente de 73 ans, est atteinte d’un adénocarcinome séreux de haut grade d’origine péritonéale de stade FIGO IVa, avec atteinte prédominante des coupoles diaphragmatiques. Dans ses antécédents, on note une obésité morbide (IMC 40 kg/m2), une dyslipidémie et une hypertension artérielle. Une réévaluation scannographique est réalisée après six cures de chimiothérapie néo-adjuvante par carboplatine et paclitaxel, trois semaines avant la chirurgie, et objective une réponse partielle sans atteinte parenchymateuse notamment pulmonaire (Fig. 1 ). Une chirurgie de cytoréduction tumorale de clôture est décidée après avis de la RCP. À son admission, la patiente est asymptomatique. L’examen clinique est normal. Elle ne rapporte pas de contage infectieux COVID-19. L’intervention chirurgicale du lendemain est donc maintenue. Une omentectomie infra-gastrique avec péritonectomie diaphragmatique bilatérale par cœlioscopie sont alors réalisées le 24/03/2020, sans difficultés majeures. Le résidu tumoral est jugé nul en fin d’intervention. Deux culots globulaires sont transfusés en post-opératoire en raison d’un saignement per-opératoire estimé à 650 cc, secondaire à la péritonectomie diaphragmatique. À J1, en raison d’une hypoxie, une oxygénothérapie aux lunettes à raison de 2L d’O2/min est instaurée. Elle présente une fébricule à 38,0 °C et des crépitants bi-basaux de faible intensité à l’auscultation pulmonaire. Le scanner thoracique montre une atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire à type d’opacité en verre dépoli, en plage, de topographie sous-pleurale, à prédominance inférieure, compatible avec une infection COVID-19 (Fig. 2 ). La PCR par frottis naso-pharyngé confirme le diagnostic. Le bilan biologique retrouve une pancytopénie (leucopénie à 2000/mm3, lymphopénie à 250/mm3, anémie à 7,8 g/dL et thrombopénie à 61 000/mm3) et une CRP augmentée à 42,9 mg/L. La patiente est transférée dans notre unité COVID-19. Une bi-antibiothérapie par céfotaxime et spiramycine est instaurée à J1 et de l’hydroxychloroquine à J3, conformément au protocole anesthésique en cours dans notre établissement. Les hémocultures sont stériles et l’antigénurie légionnelle est négative. La patiente est de plus en plus oxygéno-réquérante (majoration progressive de l’oxygénothérapie jusqu’à 70L d’O2/min à l’optiflow). Compte tenu de son âge et de ses comorbidités, notamment obésité et pathologie carcinologique ; l’indication d’une prise en charge réanimatoire n’est collégialement pas retenue. La patiente décède d’un arrêt cardio- respiratoire hypoxique le 03/04/2020, soit à J10 de l’intervention chirurgicale et à J9 du diagnostic de COVID-19.\nFig. 1 Scanner thoracique du 12/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : parenchyme pulmonaire sain.\nFig. 2 Scanner thoracique du 25/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire compatible avec une infection COVID-19."}

    LitCovid-sentences

    {"project":"LitCovid-sentences","denotations":[{"id":"T8","span":{"begin":0,"end":14},"obj":"Sentence"},{"id":"T9","span":{"begin":15,"end":195},"obj":"Sentence"},{"id":"T10","span":{"begin":196,"end":310},"obj":"Sentence"},{"id":"T11","span":{"begin":311,"end":568},"obj":"Sentence"},{"id":"T12","span":{"begin":569,"end":702},"obj":"Sentence"},{"id":"T13","span":{"begin":703,"end":732},"obj":"Sentence"},{"id":"T14","span":{"begin":733,"end":785},"obj":"Sentence"},{"id":"T15","span":{"begin":786,"end":846},"obj":"Sentence"},{"id":"T16","span":{"begin":847,"end":1005},"obj":"Sentence"},{"id":"T17","span":{"begin":1006,"end":1059},"obj":"Sentence"},{"id":"T18","span":{"begin":1060,"end":1327},"obj":"Sentence"},{"id":"T19","span":{"begin":1328,"end":1442},"obj":"Sentence"},{"id":"T20","span":{"begin":1443,"end":1681},"obj":"Sentence"},{"id":"T21","span":{"begin":1682,"end":1738},"obj":"Sentence"},{"id":"T22","span":{"begin":1739,"end":1913},"obj":"Sentence"},{"id":"T23","span":{"begin":1914,"end":1967},"obj":"Sentence"},{"id":"T24","span":{"begin":1968,"end":2146},"obj":"Sentence"},{"id":"T25","span":{"begin":2147,"end":2220},"obj":"Sentence"},{"id":"T26","span":{"begin":2221,"end":2352},"obj":"Sentence"},{"id":"T27","span":{"begin":2353,"end":2530},"obj":"Sentence"},{"id":"T28","span":{"begin":2531,"end":2683},"obj":"Sentence"},{"id":"T29","span":{"begin":2684,"end":2793},"obj":"Sentence"},{"id":"T30","span":{"begin":2794,"end":2970},"obj":"Sentence"}],"namespaces":[{"prefix":"_base","uri":"http://pubannotation.org/ontology/tao.owl#"}],"text":"2 Observation\nMme V., patiente de 73 ans, est atteinte d’un adénocarcinome séreux de haut grade d’origine péritonéale de stade FIGO IVa, avec atteinte prédominante des coupoles diaphragmatiques. Dans ses antécédents, on note une obésité morbide (IMC 40 kg/m2), une dyslipidémie et une hypertension artérielle. Une réévaluation scannographique est réalisée après six cures de chimiothérapie néo-adjuvante par carboplatine et paclitaxel, trois semaines avant la chirurgie, et objective une réponse partielle sans atteinte parenchymateuse notamment pulmonaire (Fig. 1 ). Une chirurgie de cytoréduction tumorale de clôture est décidée après avis de la RCP. À son admission, la patiente est asymptomatique. L’examen clinique est normal. Elle ne rapporte pas de contage infectieux COVID-19. L’intervention chirurgicale du lendemain est donc maintenue. Une omentectomie infra-gastrique avec péritonectomie diaphragmatique bilatérale par cœlioscopie sont alors réalisées le 24/03/2020, sans difficultés majeures. Le résidu tumoral est jugé nul en fin d’intervention. Deux culots globulaires sont transfusés en post-opératoire en raison d’un saignement per-opératoire estimé à 650 cc, secondaire à la péritonectomie diaphragmatique. À J1, en raison d’une hypoxie, une oxygénothérapie aux lunettes à raison de 2L d’O2/min est instaurée. Elle présente une fébricule à 38,0 °C et des crépitants bi-basaux de faible intensité à l’auscultation pulmonaire. Le scanner thoracique montre une atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire à type d’opacité en verre dépoli, en plage, de topographie sous-pleurale, à prédominance inférieure, compatible avec une infection COVID-19 (Fig. 2 ). La PCR par frottis naso-pharyngé confirme le diagnostic. Le bilan biologique retrouve une pancytopénie (leucopénie à 2000/mm3, lymphopénie à 250/mm3, anémie à 7,8 g/dL et thrombopénie à 61 000/mm3) et une CRP augmentée à 42,9 mg/L. La patiente est transférée dans notre unité COVID-19. Une bi-antibiothérapie par céfotaxime et spiramycine est instaurée à J1 et de l’hydroxychloroquine à J3, conformément au protocole anesthésique en cours dans notre établissement. Les hémocultures sont stériles et l’antigénurie légionnelle est négative. La patiente est de plus en plus oxygéno-réquérante (majoration progressive de l’oxygénothérapie jusqu’à 70L d’O2/min à l’optiflow). Compte tenu de son âge et de ses comorbidités, notamment obésité et pathologie carcinologique ; l’indication d’une prise en charge réanimatoire n’est collégialement pas retenue. La patiente décède d’un arrêt cardio- respiratoire hypoxique le 03/04/2020, soit à J10 de l’intervention chirurgicale et à J9 du diagnostic de COVID-19.\nFig. 1 Scanner thoracique du 12/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : parenchyme pulmonaire sain.\nFig. 2 Scanner thoracique du 25/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire compatible avec une infection COVID-19."}

    LitCovid-PD-HP

    {"project":"LitCovid-PD-HP","denotations":[{"id":"T2","span":{"begin":286,"end":298},"obj":"Phenotype"}],"attributes":[{"id":"A2","pred":"hp_id","subj":"T2","obj":"http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0000822"}],"text":"2 Observation\nMme V., patiente de 73 ans, est atteinte d’un adénocarcinome séreux de haut grade d’origine péritonéale de stade FIGO IVa, avec atteinte prédominante des coupoles diaphragmatiques. Dans ses antécédents, on note une obésité morbide (IMC 40 kg/m2), une dyslipidémie et une hypertension artérielle. Une réévaluation scannographique est réalisée après six cures de chimiothérapie néo-adjuvante par carboplatine et paclitaxel, trois semaines avant la chirurgie, et objective une réponse partielle sans atteinte parenchymateuse notamment pulmonaire (Fig. 1 ). Une chirurgie de cytoréduction tumorale de clôture est décidée après avis de la RCP. À son admission, la patiente est asymptomatique. L’examen clinique est normal. Elle ne rapporte pas de contage infectieux COVID-19. L’intervention chirurgicale du lendemain est donc maintenue. Une omentectomie infra-gastrique avec péritonectomie diaphragmatique bilatérale par cœlioscopie sont alors réalisées le 24/03/2020, sans difficultés majeures. Le résidu tumoral est jugé nul en fin d’intervention. Deux culots globulaires sont transfusés en post-opératoire en raison d’un saignement per-opératoire estimé à 650 cc, secondaire à la péritonectomie diaphragmatique. À J1, en raison d’une hypoxie, une oxygénothérapie aux lunettes à raison de 2L d’O2/min est instaurée. Elle présente une fébricule à 38,0 °C et des crépitants bi-basaux de faible intensité à l’auscultation pulmonaire. Le scanner thoracique montre une atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire à type d’opacité en verre dépoli, en plage, de topographie sous-pleurale, à prédominance inférieure, compatible avec une infection COVID-19 (Fig. 2 ). La PCR par frottis naso-pharyngé confirme le diagnostic. Le bilan biologique retrouve une pancytopénie (leucopénie à 2000/mm3, lymphopénie à 250/mm3, anémie à 7,8 g/dL et thrombopénie à 61 000/mm3) et une CRP augmentée à 42,9 mg/L. La patiente est transférée dans notre unité COVID-19. Une bi-antibiothérapie par céfotaxime et spiramycine est instaurée à J1 et de l’hydroxychloroquine à J3, conformément au protocole anesthésique en cours dans notre établissement. Les hémocultures sont stériles et l’antigénurie légionnelle est négative. La patiente est de plus en plus oxygéno-réquérante (majoration progressive de l’oxygénothérapie jusqu’à 70L d’O2/min à l’optiflow). Compte tenu de son âge et de ses comorbidités, notamment obésité et pathologie carcinologique ; l’indication d’une prise en charge réanimatoire n’est collégialement pas retenue. La patiente décède d’un arrêt cardio- respiratoire hypoxique le 03/04/2020, soit à J10 de l’intervention chirurgicale et à J9 du diagnostic de COVID-19.\nFig. 1 Scanner thoracique du 12/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : parenchyme pulmonaire sain.\nFig. 2 Scanner thoracique du 25/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire compatible avec une infection COVID-19."}