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PMC:7224657 / 1020-3990 JSONTXT

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LitCovid-PubTator

Id Subject Object Predicate Lexical cue tao:has_database_id
24 2951-2960 Disease denotes infection MESH:D007239
25 2961-2969 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
39 15-18 Gene denotes Mme Gene:4311
41 1887-1890 Gene denotes CRP Gene:1401
42 2147-2150 Gene denotes Les Gene:2525
43 230-237 Disease denotes obésité
44 286-298 Disease denotes hypertension MESH:D006973
45 776-784 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
46 1016-1023 Disease denotes tumoral MESH:D009369
47 1652-1661 Disease denotes infection MESH:D007239
48 1662-1670 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
49 1958-1966 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
50 2410-2417 Disease denotes obésité
51 2674-2682 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245

LitCovid-PD-FMA-UBERON

Id Subject Object Predicate Lexical cue fma_id
T4 2147-2150 Body_part denotes Les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048

LitCovid-PD-UBERON

Id Subject Object Predicate Lexical cue uberon_id
T2 1040-1043 Body_part denotes fin http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0008897

LitCovid-PD-MONDO

Id Subject Object Predicate Lexical cue mondo_id
T9 286-298 Disease denotes hypertension http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005044
T10 776-784 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T11 1652-1661 Disease denotes infection http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005550
T12 1662-1670 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T13 1958-1966 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T14 2674-2682 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T15 2951-2960 Disease denotes infection http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005550
T16 2961-2969 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096

LitCovid-PD-CLO

Id Subject Object Predicate Lexical cue
T5 475-484 http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000030 denotes objective
T6 654-655 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes À
T7 738-740 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 denotes ne
T8 1037-1039 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T9 1100-1102 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T10 1119-1121 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T11 1167-1168 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T12 1188-1189 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T13 1225-1226 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes À
T14 1227-1229 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0006987 denotes J1
T15 1231-1233 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T16 1289-1290 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T17 1356-1357 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T18 1414-1415 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T19 1499-1500 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T20 1531-1532 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T21 1548-1550 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T22 1565-1567 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T23 1605-1606 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T24 1797-1798 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T25 1821-1822 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T26 1839-1840 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T27 1866-1867 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T28 1901-1902 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T29 2035-2036 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T30 2037-2039 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0006987 denotes J1
T31 2067-2068 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T32 2112-2114 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T33 2245-2247 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T34 2338-2339 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T35 2474-2476 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T36 2612-2613 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T37 2652-2653 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T38 2788-2792 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008945 denotes sain
T39 2899-2900 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à

LitCovid-PD-CHEBI

Id Subject Object Predicate Lexical cue chebi_id
T4 311-314 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T5 425-435 Chemical denotes paclitaxel http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_45863
T6 569-572 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T7 847-850 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T8 1037-1039 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T9 1100-1102 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T10 1119-1121 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T11 1231-1233 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T12 1548-1550 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T13 1565-1567 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T14 1682-1684 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336
T15 1914-1916 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336
T16 1968-1971 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T17 2112-2114 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T18 2221-2223 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336
T19 2245-2247 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T20 2474-2476 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T21 2531-2533 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336

LitCovid-sentences

Id Subject Object Predicate Lexical cue
T8 0-14 Sentence denotes 2 Observation
T9 15-195 Sentence denotes Mme V., patiente de 73 ans, est atteinte d’un adénocarcinome séreux de haut grade d’origine péritonéale de stade FIGO IVa, avec atteinte prédominante des coupoles diaphragmatiques.
T10 196-310 Sentence denotes Dans ses antécédents, on note une obésité morbide (IMC 40 kg/m2), une dyslipidémie et une hypertension artérielle.
T11 311-568 Sentence denotes Une réévaluation scannographique est réalisée après six cures de chimiothérapie néo-adjuvante par carboplatine et paclitaxel, trois semaines avant la chirurgie, et objective une réponse partielle sans atteinte parenchymateuse notamment pulmonaire (Fig. 1 ).
T12 569-702 Sentence denotes Une chirurgie de cytoréduction tumorale de clôture est décidée après avis de la RCP. À son admission, la patiente est asymptomatique.
T13 703-732 Sentence denotes L’examen clinique est normal.
T14 733-785 Sentence denotes Elle ne rapporte pas de contage infectieux COVID-19.
T15 786-846 Sentence denotes L’intervention chirurgicale du lendemain est donc maintenue.
T16 847-1005 Sentence denotes Une omentectomie infra-gastrique avec péritonectomie diaphragmatique bilatérale par cœlioscopie sont alors réalisées le 24/03/2020, sans difficultés majeures.
T17 1006-1059 Sentence denotes Le résidu tumoral est jugé nul en fin d’intervention.
T18 1060-1327 Sentence denotes Deux culots globulaires sont transfusés en post-opératoire en raison d’un saignement per-opératoire estimé à 650 cc, secondaire à la péritonectomie diaphragmatique. À J1, en raison d’une hypoxie, une oxygénothérapie aux lunettes à raison de 2L d’O2/min est instaurée.
T19 1328-1442 Sentence denotes Elle présente une fébricule à 38,0 °C et des crépitants bi-basaux de faible intensité à l’auscultation pulmonaire.
T20 1443-1681 Sentence denotes Le scanner thoracique montre une atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire à type d’opacité en verre dépoli, en plage, de topographie sous-pleurale, à prédominance inférieure, compatible avec une infection COVID-19 (Fig. 2 ).
T21 1682-1738 Sentence denotes La PCR par frottis naso-pharyngé confirme le diagnostic.
T22 1739-1913 Sentence denotes Le bilan biologique retrouve une pancytopénie (leucopénie à 2000/mm3, lymphopénie à 250/mm3, anémie à 7,8 g/dL et thrombopénie à 61 000/mm3) et une CRP augmentée à 42,9 mg/L.
T23 1914-1967 Sentence denotes La patiente est transférée dans notre unité COVID-19.
T24 1968-2146 Sentence denotes Une bi-antibiothérapie par céfotaxime et spiramycine est instaurée à J1 et de l’hydroxychloroquine à J3, conformément au protocole anesthésique en cours dans notre établissement.
T25 2147-2220 Sentence denotes Les hémocultures sont stériles et l’antigénurie légionnelle est négative.
T26 2221-2352 Sentence denotes La patiente est de plus en plus oxygéno-réquérante (majoration progressive de l’oxygénothérapie jusqu’à 70L d’O2/min à l’optiflow).
T27 2353-2530 Sentence denotes Compte tenu de son âge et de ses comorbidités, notamment obésité et pathologie carcinologique ; l’indication d’une prise en charge réanimatoire n’est collégialement pas retenue.
T28 2531-2683 Sentence denotes La patiente décède d’un arrêt cardio- respiratoire hypoxique le 03/04/2020, soit à J10 de l’intervention chirurgicale et à J9 du diagnostic de COVID-19.
T29 2684-2793 Sentence denotes Fig. 1 Scanner thoracique du 12/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : parenchyme pulmonaire sain.
T30 2794-2970 Sentence denotes Fig. 2 Scanner thoracique du 25/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire compatible avec une infection COVID-19.

LitCovid-PD-HP

Id Subject Object Predicate Lexical cue hp_id
T2 286-298 Phenotype denotes hypertension http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0000822