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PubMed-chi:28670016 JSONTXT

目的: 旨在分析寨卡病毒、登革热、流行性乙型脑炎、黄热病、西尼罗河以及基孔肯雅热病毒之间的蛋白质识别率以及不同寨卡病毒株之间的多态性。. 方法: 我们使用已公布的寨卡病毒蛋白质序列,并从国家生物技术信息中心 (NCBI) 蛋白质数据库或国家生物技术信息中心 (NCBI) 病毒变异资源中获取了其他病毒的蛋白质序列。 我们使用 BLASTP 来找出病毒之间的识别区域。 我们量化了寨卡病毒和其他各种病毒之间的蛋白质识别以及寨卡病毒内部多态性,以识别蛋白质组中的所有氨基酸 k-mer,其中 k 的变化范围为 6 到 100。通过计算外膜蛋白和非结构蛋白 1 (NS1) 的溶剂可及表面,我们对蛋白质片段的可及性进行了评估。. 结果: 我们共识别出 294 个寨卡病毒蛋白质片段,相较于其他病毒,其识别率较低,且寨卡病毒株之间的多态性程度较低。 上述清单包括所有寨卡病毒蛋白质的蛋白质片段,非结构蛋白 3 (NS3) 除外。 清单中,非结构蛋白 4A (NS4A) 的蛋白质片段数目(190 个 k-mer)最高。. 结论: 我们提供了一份蛋白质片段补充目录,可在开发敏感的特殊血清学测试时使用,以检测之前的寨卡病毒感染情况。.

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