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PMC:7224657 / 3992-10615 JSONTXT

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LitCovid-PubTator

Id Subject Object Predicate Lexical cue tao:has_database_id
57 208-211 Gene denotes sur Gene:6833
58 144-147 Gene denotes Les Gene:2525
59 134-142 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
60 374-382 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
61 421-437 Disease denotes motive plusieurs MESH:D003072
71 1210-1213 Gene denotes sur Gene:6833
72 1637-1640 Gene denotes les Gene:2525
73 1053-1061 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
74 1167-1175 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
75 1601-1609 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
76 1735-1741 Disease denotes cancer MESH:D009369
77 1998-2005 Disease denotes tumoral MESH:D009369
78 2021-2030 Disease denotes infection MESH:D007239
79 2034-2042 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
103 4643-4646 Gene denotes sur Gene:6833
104 4187-4190 Gene denotes les Gene:2525
105 3361-3364 Gene denotes les Gene:2525
106 3282-3285 Gene denotes les Gene:2525
107 3129-3132 Gene denotes les Gene:2525
108 2865-2873 Species denotes patients Tax:9606
109 3365-3373 Species denotes patients Tax:9606
110 3683-3691 Species denotes patients Tax:9606
111 4651-4659 Species denotes patients Tax:9606
112 2835-2843 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
113 3084-3092 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
114 3117-3123 Disease denotes élevés MESH:D006973
115 3143-3162 Disease denotes atteintes de cancer MESH:D009369
116 3388-3394 Disease denotes cancer MESH:D009369
117 3436-3445 Disease denotes infection MESH:D007239
118 3454-3462 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
119 3478-3494 Disease denotes immunodépression
120 3521-3527 Disease denotes cancer MESH:D009369
121 3782-3792 Disease denotes dépression MESH:D000275
122 3881-3889 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
123 4412-4422 Disease denotes ’infection MESH:D007239
124 4667-4675 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
125 4695-4705 Disease denotes infections MESH:D007239
141 6187-6190 Gene denotes sur Gene:6833
142 6159-6162 Gene denotes Les Gene:2525
143 5810-5813 Gene denotes les Gene:2525
144 5752-5755 Gene denotes les Gene:2525
145 5194-5197 Gene denotes les Gene:2525
146 5198-5206 Species denotes patients Tax:9606
147 5343-5353 Species denotes SARS-CoV-2 Tax:2697049
148 5585-5592 Species denotes patient Tax:9606
149 5756-5764 Species denotes patients Tax:9606
150 5814-5822 Species denotes patients Tax:9606
151 5000-5008 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
152 5178-5186 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
153 5226-5245 Disease denotes atteints de cancers MESH:D009369
155 5331-5340 Disease denotes infection MESH:D007239

LitCovid-PD-FMA-UBERON

Id Subject Object Predicate Lexical cue fma_id
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T7 3129-3132 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T8 3282-3285 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T9 3361-3364 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T10 4187-4190 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T11 5194-5197 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T12 5752-5755 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T13 5810-5813 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T14 6159-6162 Body_part denotes Les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048

LitCovid-PD-MONDO

Id Subject Object Predicate Lexical cue mondo_id
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T36 5178-5186 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
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LitCovid-PD-CLO

Id Subject Object Predicate Lexical cue
T40 25-27 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
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T45 1063-1065 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 denotes ne
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T47 1341-1342 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
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T50 1670-1672 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 denotes ne
T51 1722-1724 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
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T61 2403-2405 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 denotes ne
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T69 4168-4170 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T70 4293-4295 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T71 4452-4457 http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_10239 denotes virus
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T73 4660-4666 http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000473 denotes testés
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T79 5341-5342 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
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T88 6064-6066 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T89 6163-6168 http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000473 denotes tests
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LitCovid-PD-CHEBI

Id Subject Object Predicate Lexical cue chebi_id
T22 14-16 Chemical denotes Ce http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33369
T23 25-27 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
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T25 977-979 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T26 1281-1283 Chemical denotes Au http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_29287
T27 1722-1724 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T28 1849-1851 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336
T29 1858-1860 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T30 2011-2013 Chemical denotes Ce http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33369
T31 2078-2080 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T32 2171-2173 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T33 2736-2739 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T34 2763-2765 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T35 3463-3465 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T36 3891-3894 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T37 4127-4129 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336
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T39 4818-4820 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T40 5475-5478 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361

LitCovid-sentences

Id Subject Object Predicate Lexical cue
T31 0-13 Sentence denotes 3 Discussion
T32 14-143 Sentence denotes Ce cas met en lumière la problématique actuelle des stratégies thérapeutiques oncologiques dans le cadre de la pandémie COVID-19.
T33 144-383 Sentence denotes Les prises en charge chirurgicales qui se basaient jusqu’à lors sur l’opérabilité et la résécabilité des lésions tumorales chez une patiente donnée, se voient désormais assujetties d’un risque supplémentaire, le risque infectieux COVID-19.
T34 384-457 Sentence denotes L’évolution fatale de notre patiente motive plusieurs axes de réflexion :
T35 458-551 Sentence denotes Fallait-il maintenir cette intervention alors que l’épidémie faisait rage dans le Grand Est ?
T36 552-620 Sentence denotes Quelles indications chirurgicales peuvent-être différer à l’avenir ?
T37 621-679 Sentence denotes Quel dépistage pré-opératoire pour nos futures patientes ?
T38 680-1176 Sentence denotes Conformément aux recommandations de l’ESGO et du CNGOF [1], [2], nous avons validé cette chirurgie de clôture au vu de l’opérabilité de la patiente, de sa bonne réponse clinico- biologique à la chimiothérapie néo-adjuvante, du nombre de cures réalisées, du faible risque de séjour post-opératoire en réanimation, et de l’absence de signes cliniques ou de notion de contact COVID-19, ne bénéficiant pas à l’époque de recommandations concernant le dépistage pré-opératoire systématique du COVID-19.
T39 1177-1280 Sentence denotes Notre attitude s’est alors basée sur une évaluation scannographique poussée de l’étage sus-mésocolique.
T40 1281-1619 Sentence denotes Au vu de son atteinte superficielle et de son accessibilité à une résection optimale, confirmée lors de l’exploration laparoscopique, l’intervention a été poursuivie par cœlioscopie, afin de réduire la morbidité du geste et la durée du séjour post-opératoire, action légitime au sein d’un centre fortement touché par le COVID-19 [3], [4].
T41 1620-1848 Sentence denotes Bien évidemment, les voies d’abord mini-invasives ne constituent pas aujourd’hui un standard de prise en charge du cancer de l’ovaire et doivent être réservées à des cas bien sélectionnés et réalisées par des équipes entraînées.
T42 1849-2010 Sentence denotes La prise en charge opératoire a donc été strictement conforme à la stratégie thérapeutique pré-opératoire curative avec obtention finale d’un résidu tumoral nul.
T43 2011-2258 Sentence denotes Ce sont l’infection au COVID-19 et l’insuffisance respiratoire qui en a résulté qui ont contraint l’équipe à décider collégialement de ne pas réaliser de prise en charge réanimatoire compte tenu de la crise sanitaire locale et de ses comorbidités.
T44 2259-2392 Sentence denotes Afin de limiter le risque infectieux, différer l’intervention après épuisement de la vague épidémique aurait pu être une éventualité.
T45 2393-2684 Sentence denotes Cependant ne pas opérer cette patiente, après six cures de chimiothérapie, serait revenu à lui proposer une abstention thérapeutique d’une durée absolument incertaine, au vu des fluctuations de l’épidémie et donc lui faire courir le risque difficilement estimable d’une progression tumorale.
T46 2685-2735 Sentence denotes Le décès de cette patiente n’est pas un cas isolé.
T47 2736-2931 Sentence denotes Une équipe de Wuhan décrit en effet un taux de mortalité à 15 jours post-opératoires de 20 % dû au COVID-19 dans une série de 34 patients asymptomatiques opérés, toutes chirurgies confondues [5].
T48 2932-2997 Sentence denotes Il s’agit d’un taux bien supérieur à ceux estimés habituellement.
T49 2998-3313 Sentence denotes Le CNGOF fait également état de risque de complications respiratoires sévères liés au COVID-19 quatre à huit fois plus élevés chez les patientes atteintes de cancer et d’une majoration du risque de décès, ce d’autant plus qu’elles auront reçu une chimiothérapie ou une chirurgie dans les semaines qui précèdent [1].
T50 3314-3741 Sentence denotes Et un article de Liang et al. [6] démontre que les patients atteints d’un cancer sont plus susceptibles de développer une infection liée au COVID-19 en raison de l’immunodépression secondaire induite par le cancer, la chimiothérapie et la chirurgie ; et de présenter une forme sévère (39 % contre 8 %), notamment après chirurgie ou chimiothérapie (75 % contre 43 % des patients cancéreux n’ayant pas reçu de traitement récent).
T51 3742-3890 Sentence denotes Il existe donc un probable impact de la dépression immunitaire post-opératoire et post-anesthésique dans l’apparition de formes sévères de COVID-19.
T52 3891-4046 Sentence denotes Une chirurgie carcinologique programmée doit de ce fait être différée dès que possible par l’instauration première ou le prolongement d’une chimiothérapie.
T53 4047-4126 Sentence denotes L’ESGO privilégie ainsi le report systématique des chirurgies d’intervalle [2].
T54 4127-4292 Sentence denotes La question est cependant plus difficile en ce qui concerne les chirurgies de clôtures, pour lesquelles le nombre complet de cure de chimiothérapie est déjà atteint.
T55 4293-4597 Sentence denotes En effet, poursuivre une chimiothérapie sans arguments tangibles, comporte des risques, notamment des risques majorés d’infection, par exposition itérative au virus lors des aller-retours dans le service d’Oncologie et par altération de l’immunité consécutive à la déplétion de la réserve médullaire [2].
T56 4598-4748 Sentence denotes Comme le rapporte l’étude de Wang et al. [7] sur 138 patients testés COVID-19 positifs, 41 % des infections sont issues de contamination hospitalière.
T57 4749-4956 Sentence denotes Il convient donc de reporter chaque intervention dès que possible et en cas d’épuisement des stratégies thérapeutiques alternatives (curatives ou d’attente), de la réaliser avec le plus de sécurité possible.
T58 4957-5260 Sentence denotes Afin de mieux estimer le risque infectieux COVID-19, la SFAR [8] a édité des recommandations concernant le dépistage systématique pré-opératoire le 29/04/2020 et l’HCSP a défini des personnes à risque de formes graves de COVID-19, comme les patients de plus de 70 ans, atteints de cancers et obèses [9].
T59 5261-5474 Sentence denotes Il est désormais recommandé de rechercher des symptômes compatibles d’infection à SARS-CoV-2 à l’aide d’un questionnaire standardisé au moment de l’admission et 48-72 h avant l’intervention par appel téléphonique.
T60 5475-5553 Sentence denotes Une PCR par frottis naso- pharyngée est réalisée 24 à 48 h avant la chirurgie.
T61 5554-5638 Sentence denotes En cas de PCR négative chez un patient asymptomatique, l’intervention est maintenue.
T62 5639-5880 Sentence denotes En cas de PCR positive et/ou de tableau clinique évocateur, l’intervention est reportée d’au moins 14 jours chez les patients immunocompétents et d’au moins 24 jours chez les patients immunodéprimés à compter de la disparition des symptômes.
T63 5881-6063 Sentence denotes Il faut cependant rester vigilant concernant la fiabilité de la PCR par frottis naso- pharyngé, qui présente une faible sensibilité, avec un taux de faux négatifs estimé à 37 % [10].
T64 6064-6158 Sentence denotes En cas de doute ou de facteurs de risque, un scanner thoracique pourra également être réalisé.
T65 6159-6350 Sentence denotes Les tests sanguins reposant sur la sérologie et la recherche d’anticorps sont actuellement à la phase d’étude et ne peuvent donc pas à ce jour être positionnés dans l’algorithme diagnostique.
T66 6351-6623 Sentence denotes Même si un dépistage systématique pré-opératoire est légitime, il faut garder à l’esprit que ses modalités sont encore à définir et risquent de se modifier dans le temps selon l’évolution de nos connaissances du virus et des performances des différents tests de dépistage.

LitCovid-PD-HP

Id Subject Object Predicate Lexical cue hp_id
T3 1735-1741 Phenotype denotes cancer http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0002664
T4 3156-3162 Phenotype denotes cancer http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0002664
T5 3388-3394 Phenotype denotes cancer http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0002664
T6 3521-3527 Phenotype denotes cancer http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0002664
T7 3782-3792 Phenotype denotes dépression http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0000716

2_test

Id Subject Object Predicate Lexical cue
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T95850 3310-3311 32247066 denotes 1
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