PMC:7224657 / 1035-3990
Annnotations
LitCovid-PubTator
Id | Subject | Object | Predicate | Lexical cue | tao:has_database_id |
---|---|---|---|---|---|
24 | 2936-2945 | Disease | denotes | infection | MESH:D007239 |
25 | 2946-2954 | Disease | denotes | COVID-19 | MESH:C000657245 |
39 | 0-3 | Gene | denotes | Mme | Gene:4311 |
41 | 1872-1875 | Gene | denotes | CRP | Gene:1401 |
42 | 2132-2135 | Gene | denotes | Les | Gene:2525 |
43 | 215-222 | Disease | denotes | obésité | |
44 | 271-283 | Disease | denotes | hypertension | MESH:D006973 |
45 | 761-769 | Disease | denotes | COVID-19 | MESH:C000657245 |
46 | 1001-1008 | Disease | denotes | tumoral | MESH:D009369 |
47 | 1637-1646 | Disease | denotes | infection | MESH:D007239 |
48 | 1647-1655 | Disease | denotes | COVID-19 | MESH:C000657245 |
49 | 1943-1951 | Disease | denotes | COVID-19 | MESH:C000657245 |
50 | 2395-2402 | Disease | denotes | obésité | |
51 | 2659-2667 | Disease | denotes | COVID-19 | MESH:C000657245 |
LitCovid-PD-FMA-UBERON
Id | Subject | Object | Predicate | Lexical cue | fma_id |
---|---|---|---|---|---|
T4 | 2132-2135 | Body_part | denotes | Les | http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048 |
LitCovid-PD-UBERON
Id | Subject | Object | Predicate | Lexical cue | uberon_id |
---|---|---|---|---|---|
T2 | 1025-1028 | Body_part | denotes | fin | http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0008897 |
LitCovid-PD-MONDO
Id | Subject | Object | Predicate | Lexical cue | mondo_id |
---|---|---|---|---|---|
T9 | 271-283 | Disease | denotes | hypertension | http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005044 |
T10 | 761-769 | Disease | denotes | COVID-19 | http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096 |
T11 | 1637-1646 | Disease | denotes | infection | http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005550 |
T12 | 1647-1655 | Disease | denotes | COVID-19 | http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096 |
T13 | 1943-1951 | Disease | denotes | COVID-19 | http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096 |
T14 | 2659-2667 | Disease | denotes | COVID-19 | http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096 |
T15 | 2936-2945 | Disease | denotes | infection | http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005550 |
T16 | 2946-2954 | Disease | denotes | COVID-19 | http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096 |
LitCovid-PD-CLO
Id | Subject | Object | Predicate | Lexical cue |
---|---|---|---|---|
T5 | 460-469 | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000030 | denotes | objective |
T6 | 639-640 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | À |
T7 | 723-725 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 | denotes | ne |
T8 | 1022-1024 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 | denotes | en |
T9 | 1085-1087 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 | denotes | en |
T10 | 1104-1106 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 | denotes | en |
T11 | 1152-1153 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T12 | 1173-1174 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T13 | 1210-1211 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | À |
T14 | 1212-1214 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0006987 | denotes | J1 |
T15 | 1216-1218 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 | denotes | en |
T16 | 1274-1275 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T17 | 1341-1342 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T18 | 1399-1400 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T19 | 1484-1485 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T20 | 1516-1517 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T21 | 1533-1535 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 | denotes | en |
T22 | 1550-1552 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 | denotes | en |
T23 | 1590-1591 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T24 | 1782-1783 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T25 | 1806-1807 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T26 | 1824-1825 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T27 | 1851-1852 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T28 | 1886-1887 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T29 | 2020-2021 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T30 | 2022-2024 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0006987 | denotes | J1 |
T31 | 2052-2053 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T32 | 2097-2099 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 | denotes | en |
T33 | 2230-2232 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 | denotes | en |
T34 | 2323-2324 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T35 | 2459-2461 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 | denotes | en |
T36 | 2597-2598 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T37 | 2637-2638 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
T38 | 2773-2777 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008945 | denotes | sain |
T39 | 2884-2885 | http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 | denotes | à |
LitCovid-PD-CHEBI
Id | Subject | Object | Predicate | Lexical cue | chebi_id |
---|---|---|---|---|---|
T4 | 296-299 | Chemical | denotes | Une | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361 |
T5 | 410-420 | Chemical | denotes | paclitaxel | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_45863 |
T6 | 554-557 | Chemical | denotes | Une | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361 |
T7 | 832-835 | Chemical | denotes | Une | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361 |
T8 | 1022-1024 | Chemical | denotes | en | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347 |
T9 | 1085-1087 | Chemical | denotes | en | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347 |
T10 | 1104-1106 | Chemical | denotes | en | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347 |
T11 | 1216-1218 | Chemical | denotes | en | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347 |
T12 | 1533-1535 | Chemical | denotes | en | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347 |
T13 | 1550-1552 | Chemical | denotes | en | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347 |
T14 | 1667-1669 | Chemical | denotes | La | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336 |
T15 | 1899-1901 | Chemical | denotes | La | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336 |
T16 | 1953-1956 | Chemical | denotes | Une | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361 |
T17 | 2097-2099 | Chemical | denotes | en | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347 |
T18 | 2206-2208 | Chemical | denotes | La | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336 |
T19 | 2230-2232 | Chemical | denotes | en | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347 |
T20 | 2459-2461 | Chemical | denotes | en | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347 |
T21 | 2516-2518 | Chemical | denotes | La | http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336 |
LitCovid-sentences
Id | Subject | Object | Predicate | Lexical cue |
---|---|---|---|---|
T9 | 0-180 | Sentence | denotes | Mme V., patiente de 73 ans, est atteinte d’un adénocarcinome séreux de haut grade d’origine péritonéale de stade FIGO IVa, avec atteinte prédominante des coupoles diaphragmatiques. |
T10 | 181-295 | Sentence | denotes | Dans ses antécédents, on note une obésité morbide (IMC 40 kg/m2), une dyslipidémie et une hypertension artérielle. |
T11 | 296-553 | Sentence | denotes | Une réévaluation scannographique est réalisée après six cures de chimiothérapie néo-adjuvante par carboplatine et paclitaxel, trois semaines avant la chirurgie, et objective une réponse partielle sans atteinte parenchymateuse notamment pulmonaire (Fig. 1 ). |
T12 | 554-687 | Sentence | denotes | Une chirurgie de cytoréduction tumorale de clôture est décidée après avis de la RCP. À son admission, la patiente est asymptomatique. |
T13 | 688-717 | Sentence | denotes | L’examen clinique est normal. |
T14 | 718-770 | Sentence | denotes | Elle ne rapporte pas de contage infectieux COVID-19. |
T15 | 771-831 | Sentence | denotes | L’intervention chirurgicale du lendemain est donc maintenue. |
T16 | 832-990 | Sentence | denotes | Une omentectomie infra-gastrique avec péritonectomie diaphragmatique bilatérale par cœlioscopie sont alors réalisées le 24/03/2020, sans difficultés majeures. |
T17 | 991-1044 | Sentence | denotes | Le résidu tumoral est jugé nul en fin d’intervention. |
T18 | 1045-1312 | Sentence | denotes | Deux culots globulaires sont transfusés en post-opératoire en raison d’un saignement per-opératoire estimé à 650 cc, secondaire à la péritonectomie diaphragmatique. À J1, en raison d’une hypoxie, une oxygénothérapie aux lunettes à raison de 2L d’O2/min est instaurée. |
T19 | 1313-1427 | Sentence | denotes | Elle présente une fébricule à 38,0 °C et des crépitants bi-basaux de faible intensité à l’auscultation pulmonaire. |
T20 | 1428-1666 | Sentence | denotes | Le scanner thoracique montre une atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire à type d’opacité en verre dépoli, en plage, de topographie sous-pleurale, à prédominance inférieure, compatible avec une infection COVID-19 (Fig. 2 ). |
T21 | 1667-1723 | Sentence | denotes | La PCR par frottis naso-pharyngé confirme le diagnostic. |
T22 | 1724-1898 | Sentence | denotes | Le bilan biologique retrouve une pancytopénie (leucopénie à 2000/mm3, lymphopénie à 250/mm3, anémie à 7,8 g/dL et thrombopénie à 61 000/mm3) et une CRP augmentée à 42,9 mg/L. |
T23 | 1899-1952 | Sentence | denotes | La patiente est transférée dans notre unité COVID-19. |
T24 | 1953-2131 | Sentence | denotes | Une bi-antibiothérapie par céfotaxime et spiramycine est instaurée à J1 et de l’hydroxychloroquine à J3, conformément au protocole anesthésique en cours dans notre établissement. |
T25 | 2132-2205 | Sentence | denotes | Les hémocultures sont stériles et l’antigénurie légionnelle est négative. |
T26 | 2206-2337 | Sentence | denotes | La patiente est de plus en plus oxygéno-réquérante (majoration progressive de l’oxygénothérapie jusqu’à 70L d’O2/min à l’optiflow). |
T27 | 2338-2515 | Sentence | denotes | Compte tenu de son âge et de ses comorbidités, notamment obésité et pathologie carcinologique ; l’indication d’une prise en charge réanimatoire n’est collégialement pas retenue. |
T28 | 2516-2668 | Sentence | denotes | La patiente décède d’un arrêt cardio- respiratoire hypoxique le 03/04/2020, soit à J10 de l’intervention chirurgicale et à J9 du diagnostic de COVID-19. |
T29 | 2669-2778 | Sentence | denotes | Fig. 1 Scanner thoracique du 12/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : parenchyme pulmonaire sain. |
T30 | 2779-2955 | Sentence | denotes | Fig. 2 Scanner thoracique du 25/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire compatible avec une infection COVID-19. |
LitCovid-PD-HP
Id | Subject | Object | Predicate | Lexical cue | hp_id |
---|---|---|---|---|---|
T2 | 271-283 | Phenotype | denotes | hypertension | http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0000822 |