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PMC:7224657 / 1035-3990 JSONTXT

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LitCovid-PubTator

Id Subject Object Predicate Lexical cue tao:has_database_id
24 2936-2945 Disease denotes infection MESH:D007239
25 2946-2954 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
39 0-3 Gene denotes Mme Gene:4311
41 1872-1875 Gene denotes CRP Gene:1401
42 2132-2135 Gene denotes Les Gene:2525
43 215-222 Disease denotes obésité
44 271-283 Disease denotes hypertension MESH:D006973
45 761-769 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
46 1001-1008 Disease denotes tumoral MESH:D009369
47 1637-1646 Disease denotes infection MESH:D007239
48 1647-1655 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
49 1943-1951 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
50 2395-2402 Disease denotes obésité
51 2659-2667 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245

LitCovid-PD-FMA-UBERON

Id Subject Object Predicate Lexical cue fma_id
T4 2132-2135 Body_part denotes Les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048

LitCovid-PD-UBERON

Id Subject Object Predicate Lexical cue uberon_id
T2 1025-1028 Body_part denotes fin http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0008897

LitCovid-PD-MONDO

Id Subject Object Predicate Lexical cue mondo_id
T9 271-283 Disease denotes hypertension http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005044
T10 761-769 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T11 1637-1646 Disease denotes infection http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005550
T12 1647-1655 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T13 1943-1951 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T14 2659-2667 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T15 2936-2945 Disease denotes infection http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005550
T16 2946-2954 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096

LitCovid-PD-CLO

Id Subject Object Predicate Lexical cue
T5 460-469 http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000030 denotes objective
T6 639-640 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes À
T7 723-725 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 denotes ne
T8 1022-1024 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T9 1085-1087 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T10 1104-1106 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T11 1152-1153 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T12 1173-1174 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T13 1210-1211 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes À
T14 1212-1214 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0006987 denotes J1
T15 1216-1218 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T16 1274-1275 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T17 1341-1342 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T18 1399-1400 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T19 1484-1485 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T20 1516-1517 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T21 1533-1535 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T22 1550-1552 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T23 1590-1591 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T24 1782-1783 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T25 1806-1807 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T26 1824-1825 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T27 1851-1852 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T28 1886-1887 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T29 2020-2021 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T30 2022-2024 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0006987 denotes J1
T31 2052-2053 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T32 2097-2099 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T33 2230-2232 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T34 2323-2324 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T35 2459-2461 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T36 2597-2598 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T37 2637-2638 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T38 2773-2777 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008945 denotes sain
T39 2884-2885 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à

LitCovid-PD-CHEBI

Id Subject Object Predicate Lexical cue chebi_id
T4 296-299 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T5 410-420 Chemical denotes paclitaxel http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_45863
T6 554-557 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T7 832-835 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T8 1022-1024 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T9 1085-1087 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T10 1104-1106 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T11 1216-1218 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T12 1533-1535 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T13 1550-1552 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T14 1667-1669 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336
T15 1899-1901 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336
T16 1953-1956 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T17 2097-2099 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T18 2206-2208 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336
T19 2230-2232 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T20 2459-2461 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T21 2516-2518 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336

LitCovid-sentences

Id Subject Object Predicate Lexical cue
T9 0-180 Sentence denotes Mme V., patiente de 73 ans, est atteinte d’un adénocarcinome séreux de haut grade d’origine péritonéale de stade FIGO IVa, avec atteinte prédominante des coupoles diaphragmatiques.
T10 181-295 Sentence denotes Dans ses antécédents, on note une obésité morbide (IMC 40 kg/m2), une dyslipidémie et une hypertension artérielle.
T11 296-553 Sentence denotes Une réévaluation scannographique est réalisée après six cures de chimiothérapie néo-adjuvante par carboplatine et paclitaxel, trois semaines avant la chirurgie, et objective une réponse partielle sans atteinte parenchymateuse notamment pulmonaire (Fig. 1 ).
T12 554-687 Sentence denotes Une chirurgie de cytoréduction tumorale de clôture est décidée après avis de la RCP. À son admission, la patiente est asymptomatique.
T13 688-717 Sentence denotes L’examen clinique est normal.
T14 718-770 Sentence denotes Elle ne rapporte pas de contage infectieux COVID-19.
T15 771-831 Sentence denotes L’intervention chirurgicale du lendemain est donc maintenue.
T16 832-990 Sentence denotes Une omentectomie infra-gastrique avec péritonectomie diaphragmatique bilatérale par cœlioscopie sont alors réalisées le 24/03/2020, sans difficultés majeures.
T17 991-1044 Sentence denotes Le résidu tumoral est jugé nul en fin d’intervention.
T18 1045-1312 Sentence denotes Deux culots globulaires sont transfusés en post-opératoire en raison d’un saignement per-opératoire estimé à 650 cc, secondaire à la péritonectomie diaphragmatique. À J1, en raison d’une hypoxie, une oxygénothérapie aux lunettes à raison de 2L d’O2/min est instaurée.
T19 1313-1427 Sentence denotes Elle présente une fébricule à 38,0 °C et des crépitants bi-basaux de faible intensité à l’auscultation pulmonaire.
T20 1428-1666 Sentence denotes Le scanner thoracique montre une atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire à type d’opacité en verre dépoli, en plage, de topographie sous-pleurale, à prédominance inférieure, compatible avec une infection COVID-19 (Fig. 2 ).
T21 1667-1723 Sentence denotes La PCR par frottis naso-pharyngé confirme le diagnostic.
T22 1724-1898 Sentence denotes Le bilan biologique retrouve une pancytopénie (leucopénie à 2000/mm3, lymphopénie à 250/mm3, anémie à 7,8 g/dL et thrombopénie à 61 000/mm3) et une CRP augmentée à 42,9 mg/L.
T23 1899-1952 Sentence denotes La patiente est transférée dans notre unité COVID-19.
T24 1953-2131 Sentence denotes Une bi-antibiothérapie par céfotaxime et spiramycine est instaurée à J1 et de l’hydroxychloroquine à J3, conformément au protocole anesthésique en cours dans notre établissement.
T25 2132-2205 Sentence denotes Les hémocultures sont stériles et l’antigénurie légionnelle est négative.
T26 2206-2337 Sentence denotes La patiente est de plus en plus oxygéno-réquérante (majoration progressive de l’oxygénothérapie jusqu’à 70L d’O2/min à l’optiflow).
T27 2338-2515 Sentence denotes Compte tenu de son âge et de ses comorbidités, notamment obésité et pathologie carcinologique ; l’indication d’une prise en charge réanimatoire n’est collégialement pas retenue.
T28 2516-2668 Sentence denotes La patiente décède d’un arrêt cardio- respiratoire hypoxique le 03/04/2020, soit à J10 de l’intervention chirurgicale et à J9 du diagnostic de COVID-19.
T29 2669-2778 Sentence denotes Fig. 1 Scanner thoracique du 12/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : parenchyme pulmonaire sain.
T30 2779-2955 Sentence denotes Fig. 2 Scanner thoracique du 25/03/2020, coupe axiale – fenêtre parenchymateuse : atteinte modérée de 10 à 25 % du parenchyme pulmonaire compatible avec une infection COVID-19.

LitCovid-PD-HP

Id Subject Object Predicate Lexical cue hp_id
T2 271-283 Phenotype denotes hypertension http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0000822