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PMC:7190488 JSONTXT

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LitCovid-PD-FMA-UBERON

Id Subject Object Predicate Lexical cue fma_id
T1 712-715 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T2 2301-2306 Body_part denotes orale http://purl.org/sig/ont/fma/fma264767
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T9 3352-3355 Body_part denotes Les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T10 3611-3614 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T11 3712-3715 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T12 3727-3730 Body_part denotes Les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T13 4757-4760 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T14 4903-4906 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T15 5017-5020 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T16 5723-5726 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T17 5865-5868 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T18 6033-6036 Body_part denotes les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048
T19 6327-6330 Body_part denotes Les http://purl.org/sig/ont/fma/fma63048

LitCovid-PD-MONDO

Id Subject Object Predicate Lexical cue mondo_id
T1 125-132 Disease denotes uveitis http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0020283
T2 2122-2131 Disease denotes infection http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005550
T3 2139-2147 Disease denotes SARS-CoV http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005091
T4 2535-2544 Disease denotes infection http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005550
T5 2552-2560 Disease denotes SARS-CoV http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005091
T6 3973-3981 Disease denotes SARS-CoV http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005091
T7 5392-5400 Disease denotes SARS-CoV http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005091

LitCovid-PD-CLO

Id Subject Object Predicate Lexical cue
T1 9-10 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T2 410-412 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T3 433-435 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T4 559-560 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T5 830-831 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T6 832-834 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001382 denotes 48
T7 891-892 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T8 981-983 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T9 1084-1086 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T10 1337-1338 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T11 1339-1341 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001382 denotes 48
T12 1389-1391 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T13 1515-1517 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 denotes Ne
T14 1531-1532 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T15 1782-1784 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T16 1987-1989 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 denotes Ne
T17 2003-2004 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T18 2089-2091 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T19 2151-2153 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 denotes ne
T20 2502-2504 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T21 2652-2654 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T22 2842-2843 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T23 2935-2937 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T24 3035-3037 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T25 3160-3162 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T26 3221-3223 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T27 3297-3299 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
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T29 3651-3654 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0002199 denotes car
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T31 4016-4019 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001236 denotes 2 à
T32 4123-4125 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
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T34 4602-4604 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0003377 denotes FO
T35 4697-4699 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 denotes ne
T36 4900-4902 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 denotes ne
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T40 5520-5521 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T41 5547-5549 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T42 5736-5737 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T43 5756-5758 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T44 6349-6351 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0008149 denotes ne
T45 6474-6475 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à
T46 6486-6487 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes à

LitCovid-PD-CHEBI

Id Subject Object Predicate Lexical cue chebi_id
T1 410-412 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T2 509-512 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T3 922-924 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336
T4 981-983 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T5 1465-1467 Chemical denotes Si http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_27573
T6 1515-1517 Chemical denotes Ne http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33310
T7 1654-1657 Chemical denotes DXM http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_4470
T8 1660-1662 Chemical denotes Si http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_27573
T9 1736-1738 Chemical denotes Si http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_27573
T10 1907-1909 Chemical denotes Si http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_27573
T11 1987-1989 Chemical denotes Ne http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33310
T12 2223-2225 Chemical denotes IV http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_74327
T13 2429-2431 Chemical denotes Si http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_27573
T14 2652-2654 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T15 3035-3037 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T16 3160-3162 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T17 3221-3223 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T18 3297-3299 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T19 3444-3446 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T20 3883-3885 Chemical denotes Si http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_27573
T21 4123-4125 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T22 4146-4149 Chemical denotes Une http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33361
T23 4156-4158 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T24 4294-4303 Chemical denotes antiviral http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_22587
T25 4304-4306 Chemical denotes IV http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_74327
T26 4381-4383 Chemical denotes IV http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_74327
T27 4491-4493 Chemical denotes IV http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_74327
T28 4577-4579 Chemical denotes AV http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_73809
T29 4602-4604 Chemical denotes FO http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_43034|http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_74498
T31 5232-5234 Chemical denotes Si http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_27573
T32 6387-6389 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336

LitCovid-PD-GO-BP

Id Subject Object Predicate Lexical cue
T1 615-621 http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0022810 denotes porter
T2 615-621 http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0015297 denotes porter

LitCovid-sentences

Id Subject Object Predicate Lexical cue
T1 0-95 Sentence denotes Conduite à tenir pour le suivi des patients atteints d’uvéite au cours de la pandémie Covid-19☆
T2 96-171 Sentence denotes How to approach follow-up of uveitis patients during the Covid-19 pandemic?
T3 173-294 Sentence denotes L’uvéite touche une population d’âge variable avec un risque non négligeable de développer des formes graves du Covid-19.
T4 295-402 Sentence denotes Le recours aux stéroïdes ou immunosuppresseurs mérite des précautions et une évaluation du bénéfice-risque.
T5 404-431 Sentence denotes Prise en charge ambulatoire
T6 433-496 Sentence denotes En cas de premier épisode d’uvéite antérieure ou récidive aiguë
T7 497-508 Sentence denotes Attention :
T8 509-665 Sentence denotes Une consultation pour œil rouge peut correspondre à une conjonctivite Covid-19 et il est indispensable de porter des gants lors de l’examen de ces patients.
T9 666-783 Sentence denotes Le fond d’œil est indispensable pour éliminer les causes infectieuses classiques pouvant imposer une hospitalisation.
T10 784-921 Sentence denotes Il faut maintenir la consultation de contrôle à 48–72 heures (ou une semaine) puis la téléconsultation est à privilégier si amélioration.
T11 922-1083 Sentence denotes La corticothérapie collyre n’est pas contre-indiquée, tout en favorisant une décroissance très lente de la corticothérapie afin d’éviter un rebond inflammatoire.
T12 1084-1256 Sentence denotes En l’absence de signe général, ou d’immunodépression, avec atteinte unilatérale et amélioration rapide : le bilan étiologique pourra être réalisé sans urgence dans le mois.
T13 1257-1387 Sentence denotes Signe général, immunosuppression, atteinte bilatérale ou absence d’amélioration à 48 h : un bilan étiologique rapide est envisagé.
T14 1389-1464 Sentence denotes En cas d’uvéite antérieure suivie et traitée par collyres corticoïdes seuls
T15 1465-1493 Sentence denotes Si l'uvéite est stabilisée :
T16 1494-1514 Sentence denotes Pas de consultation.
T17 1515-1659 Sentence denotes Ne pas procéder à la décroissance des corticoïdes topiques et garder le nombre minimal de gouttes ayant permis l’accalmie (si < 5gtes/j de DXM).
T18 1660-1735 Sentence denotes Si PIO limite (> 20 mmHg) un hypotonisant prophylactique peut être proposé.
T19 1736-1781 Sentence denotes Si l'uvéite est non contrôlée : consultation.
T20 1782-1906 Sentence denotes En cas d’uvéite ou sclérite suivie et traitée par corticoïdes systémiques et/ou immunosuppresseurs et/ou agents biologiques.
T21 1907-1965 Sentence denotes Si uvéite chronique ou sclérite chronique ou stabilisées :
T22 1966-1986 Sentence denotes Pas de consultation.
T23 1987-2088 Sentence denotes Ne pas procéder à la décroissance des corticoïdes et garder la dose minimale ayant permis l’accalmie.
T24 2089-2307 Sentence denotes En l’absence d’argument pour une infection par le SARS-CoV-2, ne pas différer l’administration des immunosuppresseurs ou biothérapies IV s’il n’est pas possible de traiter l’inflammation par voie sous cutanée ou orale.
T25 2308-2428 Sentence denotes Les bilans sanguins de contrôle de la tolérance doivent être espacés si possible (si normalité sur les 2 derniers mois).
T26 2429-2487 Sentence denotes Si uvéite/sclérite non contrôlée ou avec menace visuelle :
T27 2488-2501 Sentence denotes Consultation.
T28 2502-2780 Sentence denotes En l’absence d’argument pour une infection par le SARS-CoV-2, des traitements anti-infectieux ou bolus de méthylprednisolone peuvent être administrés en hospitalisation après avoir pesé la balance bénéfice/risque (monophtalme, atteinte maculaire sévère ou du nerf optique etc…).
T29 2781-2933 Sentence denotes Dans les autres cas, les traitements stéroïdes locaux seront à privilégier pour permettre de différer le traitement systémique chez les patients Covid+.
T30 2935-3003 Sentence denotes En cas de kérato-uvéite herpétique ou rétinochoroïdite toxoplasmique
T31 3004-3153 Sentence denotes Pour le premier épisode : mise en route du traitement avec rythme de surveillance adapté au cas par cas et si possible sans corticothérapie associée.
T32 3154-3201 Sentence denotes Prise en charge spécialisée si menace visuelle.
T33 3202-3319 Sentence denotes Instaurer un suivi en téléconsultation pour modulation thérapeutique avec le cas échéant prise en charge spécialisée.
T34 3321-3351 Sentence denotes Les injections intravitréennes
T35 3352-3486 Sentence denotes Les IVT de corticoïdes pour œdème maculaire ou hyalite peuvent théoriquement être différées en l’absence de menace visuelle immédiate.
T36 3487-3598 Sentence denotes Elles seront discutées si situation d’urgence chez un patient Covid+ contre-indiquant le traitement systémique.
T37 3599-3726 Sentence denotes Privilégier les IVT aux injections sous-ténoniennes car la diffusion extraoculaire sanguine est quasi-nulle avec les premières.
T38 3727-3822 Sentence denotes Les IVT d’anti VEGF pour néovascularisation choroïdienne inflammatoire doivent être maintenues.
T39 3823-3882 Sentence denotes Comme pour la myopie forte un régime PRN est à privilégier.
T40 3883-4115 Sentence denotes Si impossibilité d’examiner le patient avant IVT (pour limiter le risque de contracter le SARS-CoV-2), un régime fixe mensuel court (2 à 3 mois maximum) peut être choisi si une seule IVT n’induit pas d’amélioration visuelle notable.
T41 4117-4145 Sentence denotes Prise en charge hospitalière
T42 4146-4308 Sentence denotes Une prise en charge hospitalière est envisagée dans ces cas :• endothélite herpétique ou zona ophtalmique de l’immunodéprimé imposant un traitement antiviral IV ;
T43 4309-4398 Sentence denotes • rétinites virales (aiguës) imposant des injections intravitréennes et IV d’antiviraux ;
T44 4399-4431 Sentence denotes • uvéites bactériennes sévères ;
T45 4432-4530 Sentence denotes • endophtalmies imposant des injections intravitréennes et IV d’antibiotiques ou d’antifongiques ;
T46 4531-4745 Sentence denotes • uvéite postérieure ou panuvéite sévère avec AV < 5/10, tyndall > 3+, FO non accessible ou hyalite > 2+, foyer ou nécrose rétinienne, menace maculaire ou papillaire ne pouvant pas bénéficier d’un traitement local.
T47 4747-4764 Sentence denotes Dans tous les cas
T48 4765-4862 Sentence denotes L’évaluation du patient atteint d’uvéite est consommatrice d’examens (flare, angiographies, OCT).
T49 4863-4961 Sentence denotes Il est demandé aux professionnels de ne les réaliser que si ces examens sont jugés indispensables.
T50 4962-5231 Sentence denotes Chez le patient supposé Covid-, il ne faut pas arrêter les traitements anti-infectieux, corticoïdes et/ou immunosuppresseurs et/ou biothérapies sous peine d’induire un rebond inflammatoire sévère à l’arrêt et donc un recours à des doses encore plus fortes de stéroïdes.
T51 5232-5365 Sentence denotes Si fièvre, ou toux ou signes respiratoires chez un patient sous corticoïdes systémiques ou immunosuppresseurs ou agents biologiques :
T52 5366-5546 Sentence denotes Consultation, prélèvement SARS-CoV-2 et arrêt transitoire des traitements immunosuppresseurs et/ou biologiques avec maintien d’une faible corticothérapie à discuter au cas par cas.
T53 5547-5755 Sentence denotes En cas d’uvéite nécessitant des corticoïdes et/ou des immunosuppresseurs et/ou des agents biologiques, il est préférable de retarder l’initiation du traitement systémique chez les patients à risque ou Covid+.
T54 5756-5828 Sentence denotes En cas de menace visuelle directe, la voie locale doit être privilégiée.
T55 5830-5849 Sentence denotes Rappel aux patients
T56 5850-5962 Sentence denotes Il est rappelé les règles ci-dessous aux patients :• respect des mesures barrières et de distanciation sociale ;
T57 5963-6043 Sentence denotes • si fièvre > 38°, prendre du paracétamol (maximum 3 g/j) mais éviter les AINS ;
T58 6044-6198 Sentence denotes • si signes infectieux de virose (malaise, toux, anosmie, agueusie, myalgies, diarrhées, céphalée, et/ou de fièvre > 38°), contacter le médecin référent ;
T59 6199-6293 Sentence denotes • si oppression thoracique et/ou essoufflement associés aux signes infectieux : appeler le 15.
T60 6295-6326 Sentence denotes Déclaration de liens d’intérêts
T61 6327-6382 Sentence denotes Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts.
T62 6384-6625 Sentence denotes ☆ La première publication par la Société française d’ophtalmologie, le 30 mars 2020, est à retrouver à l’adresse https ://www.sfo-online.fr/actualites/conduite-tenir-pour-le-suivi-des-patients-atteints-duveite-au-cours-de-la-pandemie-covid.

LitCovid-PD-HP

Id Subject Object Predicate Lexical cue hp_id
T1 125-132 Phenotype denotes uveitis http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0000554
T2 6078-6085 Phenotype denotes malaise http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0012378

LitCovid-PubTator

Id Subject Object Predicate Lexical cue tao:has_database_id
2 35-43 Species denotes patients Tax:9606
3 86-94 Disease denotes Covid-19 MESH:C000657245
6 310-319 Chemical denotes stéroïdes
7 285-293 Disease denotes Covid-19 MESH:C000657245
10 656-664 Species denotes patients Tax:9606
11 579-587 Disease denotes Covid-19 MESH:C000657245
13 712-715 Gene denotes les Gene:2525
15 1120-1136 Disease denotes immunodépression
17 1689-1701 Disease denotes hypotonisant
23 2407-2410 Gene denotes les Gene:2525
24 2308-2311 Gene denotes Les Gene:2525
25 2139-2149 Species denotes SARS-CoV-2 Tax:2697049
26 2122-2131 Disease denotes infection MESH:D007239
27 2263-2275 Disease denotes inflammation MESH:D007249
36 2913-2916 Gene denotes les Gene:2525
37 2802-2805 Gene denotes les Gene:2525
38 2786-2789 Gene denotes les Gene:2525
39 2552-2562 Species denotes SARS-CoV-2 Tax:2697049
40 2917-2925 Species denotes patients Tax:9606
41 2818-2827 Chemical denotes stéroïdes
42 2535-2544 Disease denotes infection MESH:D007239
43 2926-2931 Disease denotes Covid MESH:C000657245
45 3321-3324 Gene denotes Les Gene:2525
51 3352-3355 Gene denotes Les Gene:2525
52 3712-3715 Gene denotes les Gene:2525
53 3611-3614 Gene denotes les Gene:2525
54 3541-3548 Species denotes patient Tax:9606
55 3549-3554 Disease denotes Covid MESH:C000657245
62 3742-3746 Gene denotes VEGF Gene:7422
63 3727-3730 Gene denotes Les Gene:2525
64 3914-3921 Species denotes patient Tax:9606
65 3973-3983 Species denotes SARS-CoV-2 Tax:2697049
66 3752-3797 Disease denotes néovascularisation choroïdienne inflammatoire
67 4046-4055 Disease denotes choisi si MESH:C538139
70 4623-4630 Chemical denotes hyalite
71 4646-4664 Chemical denotes nécrose rétinienne
73 4757-4760 Gene denotes les Gene:2525
77 4857-4860 Gene denotes OCT Gene:5362
78 4903-4906 Gene denotes les Gene:2525
79 4781-4788 Species denotes patient Tax:9606
83 5017-5020 Gene denotes les Gene:2525
84 4970-4977 Species denotes patient Tax:9606
85 4986-4991 Disease denotes Covid MESH:C000657245
88 5283-5290 Species denotes patient Tax:9606
89 5392-5402 Species denotes SARS-CoV-2 Tax:2697049
93 5723-5726 Gene denotes les Gene:2525
94 5727-5735 Species denotes patients Tax:9606
95 5748-5753 Disease denotes Covid MESH:C000657245
98 6033-6036 Gene denotes les Gene:2525
99 5982-6004 Chemical denotes prendre du paracétamol
101 6102-6120 Disease denotes agueusie, myalgies
104 5865-5868 Gene denotes les Gene:2525
105 5891-5899 Species denotes patients Tax:9606
107 6327-6330 Gene denotes Les Gene:2525
109 6569-6577 Species denotes patients Tax:9606