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PMC:7174190 JSONTXT

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LitCovid-PD-FMA-UBERON

Id Subject Object Predicate Lexical cue fma_id
T1 48-55 Body_part denotes abdomen http://purl.org/sig/ont/fma/fma9577
T2 163-170 Body_part denotes abdomen http://purl.org/sig/ont/fma/fma9577
T3 370-377 Body_part denotes abdomen http://purl.org/sig/ont/fma/fma9577
T4 1542-1549 Body_part denotes abdomen http://purl.org/sig/ont/fma/fma9577
T5 2039-2046 Body_part denotes abdomen http://purl.org/sig/ont/fma/fma9577

LitCovid-PD-UBERON

Id Subject Object Predicate Lexical cue uberon_id
T1 48-55 Body_part denotes abdomen http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000916
T2 163-170 Body_part denotes abdomen http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000916
T3 370-377 Body_part denotes abdomen http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000916
T4 1542-1549 Body_part denotes abdomen http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000916
T5 2039-2046 Body_part denotes abdomen http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000916

LitCovid-PD-MONDO

Id Subject Object Predicate Lexical cue mondo_id
T1 108-116 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T2 209-217 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T3 218-227 Disease denotes infection http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005550
T4 330-338 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T5 664-672 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T6 858-866 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T7 1361-1365 Disease denotes SARS http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005091
T8 1798-1805 Disease denotes colitis http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0005292
T9 2503-2511 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T10 2736-2744 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096
T11 3255-3263 Disease denotes COVID-19 http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0100096

LitCovid-PD-CLO

Id Subject Object Predicate Lexical cue
T1 0-1 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes A
T2 48-55 http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000916 denotes abdomen
T3 48-55 http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000968 denotes abdomen
T4 163-170 http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000916 denotes abdomen
T5 163-170 http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000968 denotes abdomen
T6 230-232 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0009126 denotes Sr
T7 278-280 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T8 358-360 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T9 370-377 http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000916 denotes abdomen
T10 370-377 http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000968 denotes abdomen
T11 422-424 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T12 486-488 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T13 542-544 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T14 563-564 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes a
T15 638-640 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T16 736-738 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T17 799-801 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0053755 denotes Es
T18 1027-1029 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0053755 denotes es
T19 1357-1360 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0002742 denotes del
T20 1366-1368 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T21 1451-1453 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T22 1488-1491 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0002742 denotes del
T23 1542-1549 http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000916 denotes abdomen
T24 1542-1549 http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000968 denotes abdomen
T25 1687-1689 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T26 1719-1720 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes a
T27 1741-1742 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes a
T28 1988-1990 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T29 2006-2009 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0002742 denotes del
T30 2039-2046 http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000916 denotes abdomen
T31 2039-2046 http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000968 denotes abdomen
T32 2081-2083 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0053755 denotes es
T33 2120-2122 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes En
T34 2320-2322 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T35 2346-2348 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T36 2411-2414 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0002742 denotes del
T37 2651-2653 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0053755 denotes es
T38 3047-3048 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes a
T39 3327-3329 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en
T40 3351-3352 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes A
T41 3386-3389 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0002742 denotes del
T42 3397-3400 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0002742 denotes del
T43 3493-3495 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0053755 denotes es
T44 3517-3518 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0001020 denotes a
T45 3614-3616 http://purl.obolibrary.org/obo/CLO_0037161 denotes en

LitCovid-PD-CHEBI

Id Subject Object Predicate Lexical cue chebi_id
T1 230-232 Chemical denotes Sr http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33324
T2 278-280 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T3 358-360 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T4 422-424 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T5 455-460 Chemical denotes hemos http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30413
T6 486-488 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T7 542-544 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T8 638-640 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T9 736-738 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T10 799-801 Chemical denotes Es http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33393
T11 1366-1368 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T12 1451-1453 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T13 1650-1652 Chemical denotes La http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33336
T14 1687-1689 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T15 1988-1990 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T16 2320-2322 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T17 2346-2348 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T18 3327-3329 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347
T19 3574-3580 Chemical denotes grupos http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_24433
T20 3614-3616 Chemical denotes en http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_30347

LitCovid-sentences

Id Subject Object Predicate Lexical cue
T1 0-117 Sentence denotes A propósito de la carta científica «Sospecha de abdomen agudo como manifestación extrapulmonar de infección COVID-19»
T2 118-228 Sentence denotes About the scientific letter ‘Suspected acute abdomen as an extrapulmonary manifestation of COVID-19 infection’
T3 230-243 Sentence denotes Sr. Director:
T4 244-298 Sentence denotes Hemos leído el artículo publicado en su revista por R.
T5 299-384 Sentence denotes Blanco-Colino et al1. sobre la COVID-19 y su manifestación en forma de abdomen agudo.
T6 385-598 Sentence denotes Ante la situación actual de pandemia en la que estamos, los cirujanos hemos sido capaces de trabajar en equipo con diferentes especialidades y actualizarnos en diferentes campos a los que no estamos acostumbrados.
T7 599-798 Sentence denotes Muchos de los conocimientos adquiridos en cuanto al manejo de la COVID-19, han sido, por desgracia, primero improvisados y luego basados en protocolos que han ido cambiándose con relativa frecuencia.
T8 799-1014 Sentence denotes Es conocido que un porcentaje no despreciable de pacientes COVID-19 positivos, tal y como refieren los autores, presentan síntomas gastrointestinales, entre los que destacan la anorexia, las diarreas y los vómitos2.
T9 1015-1176 Sentence denotes Aunque bien es cierto que la gran mayoría de ellos se acompañan de síntomas respiratorios o fiebre y rara vez se presenta como síntoma gastrointestinal aislado3.
T10 1177-1264 Sentence denotes Ambas manifestaciones pueden coexistir sin necesidad de ser una dependiente de la otra.
T11 1265-1477 Sentence denotes No debemos olvidar que los síntomas gastrointestinales ya fueron descritos durante el brote del SARS en 20034, por lo que aunque se considere una nueva pandemia, ya teníamos información en la que poder apoyarnos.
T12 1478-1649 Sentence denotes El título del artículo puede malinterpretarse si entendemos por abdomen agudo, dolor abdominal repentino e intenso que requiere una actuación médica o quirúrgica urgente5.
T13 1650-1764 Sentence denotes La descripción que hacen los autores en el caso clínico no se ajusta a dicha definición ni a la práctica habitual.
T14 1765-1961 Sentence denotes El diagnóstico etiológico de una colitis infecciosa requiere de diferentes pruebas diagnósticas (cultivo de heces, estudio histológico, inmunohistoquímica…) dependiendo de la sospecha clínica6, 7.
T15 1962-2119 Sentence denotes Con los datos facilitados en la descripción del caso y con la radiografía de abdomen (véase leyenda de la imagen 1) no es posible realizar dicho diagnóstico.
T16 2120-2245 Sentence denotes En caso de que lo sospecharan, no encontramos la intención de realizar ninguna de las pruebas diagnósticas antes mencionadas.
T17 2246-2512 Sentence denotes Asimismo, se introducen diferentes conceptos como linfopenia o alteración en la analítica hepática (en pacientes ya tratados) que no tienen que ver con la finalidad del artículo: alertarnos de las supuestas manifestaciones gastrointestinales que provoca la COVID-19.
T18 2513-2754 Sentence denotes Dado que desconocemos el número absoluto de población infectada y que las estimaciones hacen pensar que son más que los casos reportados, es lógico sospechar que muchos de los pacientes que tratemos por otros motivos serán COVID-19 positivo.
T19 2755-3110 Sentence denotes Valoramos de forma positiva que los autores resalten la necesidad de realizar una buena anamnesis acerca de los síntomas respiratorios, de manera que se puedan extremar las precauciones y las medidas de aislamiento; aunque independientemente de pandemia o no, realizar una anamnesis completa a los pacientes debería ser mandatorio para cualquier cirujano.
T20 3111-3350 Sentence denotes Ante escenarios desconocidos, el reporte de casos clínicos puede ser de interés general, pero publicar prácticamente todo lo relacionado con la COVID-19, cuando la información no aporta soluciones se puede convertir en motivo de confusión.
T21 3351-3630 Sentence denotes A día de hoy, cuatro meses después del inicio del brote, las interacciones y el intercambio de información entre cirujanos por redes sociales es inmediato; se llevan a cabo encuestas y trabajos coordinados entre diferentes grupos de cirugía que ayudan e informan en mayor medida.

LitCovid-PD-HP

Id Subject Object Predicate Lexical cue hp_id
T1 976-984 Phenotype denotes anorexia http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0002039
T2 1798-1805 Phenotype denotes colitis http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0002583

LitCovid-PubTator

Id Subject Object Predicate Lexical cue tao:has_database_id
1 108-116 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
7 758-761 Gene denotes ido Gene:3620
8 684-687 Gene denotes por Gene:5447
9 292-295 Gene denotes por Gene:5447
10 330-338 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
11 664-672 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
20 1376-1379 Gene denotes por Gene:5447
21 878-881 Gene denotes tal Gene:6888
22 858-866 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
23 921-948 Disease denotes síntomas gastrointestinales
24 976-984 Disease denotes anorexia MESH:D000855
25 1137-1174 Disease denotes como síntoma gastrointestinal aislado MESH:D005767
26 1292-1319 Disease denotes síntomas gastrointestinales
27 1361-1365 Disease denotes SARS MESH:D045169
31 1538-1541 Gene denotes por Gene:5447
32 1798-1816 Disease denotes colitis infecciosa MESH:D003092
33 2503-2511 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
37 2712-2715 Gene denotes por Gene:5447
38 2736-2744 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245
39 2843-2889 Disease denotes anamnesis acerca de los síntomas respiratorios MESH:D005862
42 3474-3477 Gene denotes por Gene:5447
43 3255-3263 Disease denotes COVID-19 MESH:C000657245