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1-20 / 260 show all
FA_Top100-Disease 1/2 FirstAuthor Top100 (201811-201910) for diseases MONDO & HPO2.14 KAikoHIRAKI2020-03-25
FA_Top100Plus-Disease 2/2 FirstAuthor Top100+7 for diseases MONDO & HPO246AikoHIRAKI2020-03-25Testing
CORD-19_HIRAKI HIRAKI Annotation for CORD-192.98 KAikoHIRAKI2020-04-14Testing
TestTestTest 36AikoHIRAKI2020-07-06Testing
FA_Top107-forWeb ※※※ !要データ加工! webリンク用には、この結果を加工して使っています。その他で使われる場合に、末尾記載の問題を別途解決する必要があります。 !要データ加工! ※※※ Top100+本来Top100に入るべきだった7レビューの計、107レビュー中99レビュー。 5414, 6076, 6930, 8403, 9643, 12112, 18544, 18829は、0denotationでドキュメント自体登録していません。 @AikoHIRAKIはtypoを修正したレビューフォルダ。 attributesの詳細はconfig参照。 ※※※ !注意! webリンク側のしばりで、選択文字列は複数のUniProtIDに対応していません。(例)Protein1~Protein7とある場合、 Protein1, 2, 3, 4, 5, 6, 7をさし、かつ全てにUniProtIDがあったとしても、1と7のみUniProtIDをとってきています。 "~"は、Protein2, 3, 4, 5, 6を意味していますが、positionではなく文字列で検索をかけているのと、見せ方の仕様上、これらのIDは全て未取得となっています。⇔GeneProteinでは"~"に2-6のIDsをもたせていました。 該当レビュー;14898(~=MAPK2, MAPK3, MAPK4, MAPK5, MAPK6), 10471(~=Ago2, Ago3) --------------------------------------- (例)ProteinAB...ProteinCD...ProteinB...ProteinDとある場合、 ProteinABは、ProteinAとBというLexical_Cueになっています。ProteinCDも同様に、ProteinCとD。BとDだけでは、このレビュー内ではProteinBやProteinDをさすことが分かるのですが、それ以外で使用する場合に、BとDにそれぞれ該当UniProtIDをあてるのは不適切です。 該当レビュー;11957(β4=itgb4, β1=itgb1, β5=itgb5, β3=itgb3) 他の例が出てきたら順次、ここに記載していきます。当座、これらは削除する必要があります。 attributeで削除フラグをつけるか、Jakeの機能がTextAEに実装されれば解決するか、検討して、何かしら分かるようにしておきます。 (例)ProteinA/B とある場合、 webリンクでは、"ProteinA"にUniProtID-Aを、"/B"にUniProtID-Bをつけています(リンク側のしばり)。webリンク以外で使われる場合には、別プロジェクトのFA_Top100Plus-GeneProteinで行っていたようなRelationを使って、"/B"ではなく、"ProteinB"として、UniProtID-Bと対応させる必要があります。現状のとり方ですと、要Relation箇所は救済出来ません。 Lexical cueには"/B"とありますが、Objectには"ProteinB"と残してあるので、Objectを参照して下さい。 但し、建石さんのようなpositionがご入用な場合には上では対応出来ていません。 該当レビュー;11935(/4=BMP4), 14898(/2=LATS2), 7412(/2=TSC2), 4629(/2=CtBP2) (webリンクでは、レビュー毎に完結しているので、"/B"がそのレビューで他の意味をなしていなければ対応出来るのと、文字列合致でリンクを貼っているためです。) !注意! ※※※ RelationのmergedはTextAEの既存機能で既に出来ます。10.3 KAikoHIRAKI2020-06-15Beta
BLAH6test BLAH6test0AikoHIRAKI2020-03-24Testing
FA_Top100-Disease-keyword 94AikoHIRAKI2020-03-04Developing
FA_Top100Plus-GeneProtein Top100+本来Top100に入るべきだった7レビューの計、107レビュー中101レビュー。 5414, 6076, 6930, 8403, 9643, 18544は、0denotationでドキュメント自体登録していない。 @AikoHIRAKIはtypoを修正したレビューフォルダ。 attributesの詳細はconfigか、doc参照。但し、docはその他のprojectについても書いてある(webリンクの箇所は古い)ので、該当するFA_Top100Plus-GeneProteinのみを参照。 ※※※ !未処理注意! このまま結果が即使える状態ではありません。上を参照にデータ加工下さい。 !未処理注意! ※※※ 済 ※※※ !未処理注意! 18773にtypoが見つかったので、web版から正しいtxtを取り直して、位置を直す必要がある。 !未処理注意! ※※※ 10.6 KAikoHIRAKI2020-06-07Beta
FA_108-forWeb 12242,12112, 18829は、0denotationでドキュメント自体登録していない。 @AikoHIRAKIはtypoを修正したレビューフォルダ。50AikoHIRAKI2020-05-02Developing
Test-newTextAE 112AikoHIRAKI2020-04-30Testing
FirstAuthor10 FirstAuthor104.78 KAikoHIRAKI2019-11-19Developing
FA_PR25 FirstAuthor Protein Ontology 25 entries512AikoHIRAKI2019-11-19Developing
GGDB-2020 1.94 Kangata2020-06-26Developing
Lectin 3.52 Kangata2018-02-09
TextMining-in-bioinformatics TextMining in bioinformatics0Aohnewug2020-04-21Developing
AlvisNLP-Test Project for testing AlviNLP PubAnnotation server during BLAH3.17Bibliome2017-01-20Testing
Test20200205 553BLAH6-Tweets2020-03-03Testing
SNPPhenoExt 3behrouz bokharaeianbokharaeian2016-04-30Developing
tmVarCorpus Wei C-H, Harris BR, Kao H-Y, Lu Z (2013) tmVar: A text mining approach for extracting sequence variants in biomedical literature, Bioinformatics, 29(11) 1433-1439, doi:10.1093/bioinformatics/btt156.1.43 KChih-Hsuan Wei , Bethany R. Harris , Hung-Yu Kao and Zhiyong LuChih-Hsuan Wei2020-01-31Released
NCBIDiseaseCorpus The NCBI disease corpus is fully annotated at the mention and concept level to serve as a research resource for the biomedical natural language processing community.6.88 KRezarta Islamaj Doğan,Robert Leaman,Zhiyong LuChih-Hsuan Wei2015-08-06Released
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FA_Top100-Disease 2.14 KAikoHIRAKI2020-03-25
FA_Top100Plus-Disease 246AikoHIRAKI2020-03-25Testing
CORD-19_HIRAKI 2.98 KAikoHIRAKI2020-04-14Testing
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FA_Top107-forWeb 10.3 KAikoHIRAKI2020-06-15Beta
BLAH6test 0AikoHIRAKI2020-03-24Testing
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FirstAuthor10 4.78 KAikoHIRAKI2019-11-19Developing
FA_PR25 512AikoHIRAKI2019-11-19Developing
GGDB-2020 1.94 Kangata2020-06-26Developing
Lectin 3.52 Kangata2018-02-09
TextMining-in-bioinformatics 0Aohnewug2020-04-21Developing
AlvisNLP-Test 17Bibliome2017-01-20Testing
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tmVarCorpus 1.43 KChih-Hsuan Wei , Bethany R. Harris , Hung-Yu Kao and Zhiyong LuChih-Hsuan Wei2020-01-31Released
NCBIDiseaseCorpus 6.88 KRezarta Islamaj Doğan,Robert Leaman,Zhiyong LuChih-Hsuan Wei2015-08-06Released