Table 3 Relative abundances (%) of the most abundant OTUs in different gut sites of infected birds (days 21 and 28). OTUs ID Jejunum mucosa Jejunum content Cecum mucosa Cecum content JM-JC CM-CC JM-CM JC-CC Mean SD Mean SD Mean SD Mean SD P-values q-valuesa P-values q-valuesa P-values q-valuesa P-values q-valuesa OTU 49 0.18 0.28 0.43 0.98 0.61 1.44 0.52 0.91 0.689 0.880 0.936 0.989 0.550 0.791 0.516 0.776 OTU 25 0.02 0.04 0.08 0.09 0.00 0.00 0 0 0.077 0.178 0.063 0.168 OTU 5 1.65 2.21 8.89 6.18 0.01 0.01 0 0 0.009 0.043 0.761 0.927 0.001 0.007 0.001 0.007 OTU 30 0.31 0.94 0.06 0.08 0.30 0.38 0.16 0.12 0.957 0.989 0.355 0.596 1.000 1.000 0.013 0.056 OTU 9 0.17 0.39 0.14 0.14 1.47 4.29 2.06 5.88 0.903 0.987 0.575 0.791 0.530 0.785 0.217 0.408 OTU 13 0.64 1.06 0.72 1.35 2.87 3.77 2.65 2.58 0.955 0.989 0.950 0.989 0.056 0.159 0.020 0.071 OTU 15 0.08 0.13 0.01 0.02 1.24 0.89 2.13 1.23 0.049 0.146 0.040 0.126 0.001 0.007 0.001 0.007 OTU 18 4.67 9.39 6.34 11.77 0.19 0.44 0.14 0.36 0.572 0.791 0.857 0.986 0.102 0.218 0.011 0.051 OTU 21 0.28 0.58 0.16 0.19 1.63 2.60 1.93 2.41 0.565 0.791 0.611 0.611 0.085 0.191 0.009 0.043 OTU 33 1.11 1.14 0.13 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.008 0.041 1.000 1.000 0.001 0.007 0.001 0.007 OTU 12 0.51 0.74 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.05 0.056 0.159 0.929 0.989 0.062 0.168 0.796 0.949 OTU 28 1.19 1.20 0.20 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.015 0.060 0.016 0.060 0.001 0.007 0.001 0.007 OTU 37 0.14 0.27 0.01 0.02 0.35 0.18 0.51 0.27 0.074 0.178 0.077 0.178 0.207 0.394 0.001 0.007 OTU 40 0.07 0.08 1.35 0.83 0.01 0.01 0.00 0.01 0.001 0.007 0.881 0.987 0.008 0.041 0.001 0.007 OTU 3 11.02 13.33 29.61 19.69 0.52 0.56 0.41 0.45 0.067 0.173 0.865 0.986 0.004 0.023 0.001 0.007 OTU 26 0 0 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.542 0.791 0.801 0.949 0.070 0.176 0.990 1.000 OTU 19 0.14 0.29 0.31 0.24 3.24 7.48 2.09 5.77 0.372 0.613 0.614 0.823 0.107 0.223 0.441 0.700 OTU 44 0.43 1.20 0.07 0.12 0.49 0.94 1.06 2.17 0.594 0.809 0.574 0.791 0.552 0.791 0.014 0.059 OTU 39 0.02 0.05 0.13 0.20 0.59 0.79 1.02 1.34 0.072 0.178 0.318 0.539 0.001 0.007 0.016 0.060 OTU 29 0.30 0.66 0.01 0.03 3.92 6.25 0.38 0.51 0.052 0.152 0.049 0.146 0.036 0.115 0.005 0.028 OTU 2 19.98 22.32 23.46 10.10 0.85 1.46 0.19 0.30 0.834 0.975 0.285 0.493 0.002 0.012 0.001 0.007 OTU 38 0 0.01 0 0 0 0 0 0 0.690 0.012 OTU 42 0 0 0 0 0 0 0 0 OTU 17 0.62 1.33 0.25 0.31 4.45 6.58 0.12 0.18 0.451 0.703 0.002 0.012 0.091 0.201 0.531 0.785 OTU 1 0.11 0.18 0.81 1.36 0.28 0.40 0.19 0.36 0.145 0.292 0.760 0.927 0.280 0.491 0.255 0.455 OTU 11 1.09 1.39 0.10 0.10 2.01 2.44 2.31 3.56 0.026 0.086 0.761 0.927 0.907 0.987 0.007 0.038 OTU 4 3.43 6.60 0.13 0.11 12.51 8.03 16.82 10.92 0.154 0.303 0.162 0.315 0.016 0.060 0.001 0.007 OTU 48 0.41 1.14 0.01 0.02 2.29 7.23 0.38 1.17 0.225 0.414 0.747 0.927 0.817 0.962 0.222 0.413 OTU 14 0.24 0.65 0.07 0.07 0.45 0.84 1.41 2.08 0.364 0.606 0.122 0.251 0.619 0.824 0.076 0.178 OTU 46 0.21 0.60 0.01 0.02 0.49 0.81 0.52 0.87 0.306 0.524 0.757 0.927 0.396 0.646 0.016 0.060 OTU 31 0.03 0.06 0.03 0.04 0.37 0.52 0.08 0.07 0.955 0.989 0.057 0.159 0.012 0.055 0.019 0.068 OTU 45 0 0 0 0 0 0 0 0 1.000 1.000 0.281 0.491 OTU 10 0.26 0.82 0.09 0.12 0.29 0.57 0.22 0.30 0.960 0.989 0.896 0.987 0.891 0.987 0.175 0.336 OTU 32 2.90 3.72 3.80 3.98 0.18 0.46 0.05 0.11 0.872 0.986 0.567 0.791 0.004 0.023 0.001 0.007 OTU 8 1.21 2.88 0.05 0.09 7.75 7.99 6.25 8.70 0.036 0.115 0.917 0.989 0.021 0.073 0.001 0.007 OTU 6 0.82 1.99 0.10 0.13 4.11 2.46 1.24 1.97 0.455 0.703 0.026 0.086 0.019 0.068 0.001 0.007 OTU 36 0.21 0.40 0.23 0.21 0.34 0.37 0.19 0.22 0.893 0.987 0.441 0.700 0.473 0.724 0.871 0.986 OTU 35 0 0 0 0 0 0 0 0 OTU 7 0.24 0.40 0.08 0.17 4.65 13.62 6.23 18.65 0.095 0.205 0.692 0.880 0.501 0.760 0.062 0.168 OTU 16 0.19 0.27 0.29 0.47 1.37 1.80 1.55 1.94 0.776 0.932 0.653 0.862 0.074 0.178 0.048 0.146 OTU 27 0 0 0 0 0 0 0 0 OTU 20 0.22 0.67 0.03 0.05 4.32 13.62 0.62 1.88 0.849 0.986 0.770 0.932 0.576 0.791 0.424 0.686 OTU 50 0.10 0.17 1.20 0.73 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.007 0.979 1.000 0.013 0.056 0.001 0.007 OTU 22 0.14 0.42 0 0 2.08 5.32 3.60 9.82 0.107 0.223 0.671 0.877 0.236 0.430 0.001 0.007 OTU 47 0.03 0.06 0.01 0.01 0.20 0.10 0.31 0.23 0.244 0.440 0.092 0.201 0.001 0.007 0.001 0.007 OTU 41 0.99 2.99 0 0 0.50 0.87 1.28 3.32 0.723 0.913 0.923 0.989 OTU 23 0.63 1.18 0.02 0.02 2.39 2.31 2.88 2.65 0.124 0.252 0.448 0.703 0.064 0.168 0.001 0.007 OTU 43 8.90 28.14 0 0 0 0 0 0 OTU 34 0.02 0.05 0 0 0.85 0.79 1.54 1.09 0.148 0.294 0.068 0.173 0.001 0.007 0.001 0.007 OTU 24 0 0 0.05 0.07 0.15 0.13 0.12 0.11 0.674 0.877 0.082 0.187 a q-value: The False Discovery Rate (FDR) adjusted p-value using Benjamini and Hochberg method and the q < 0.25 after FDR correction considered significant. Statistically significant values are formatted in bold.