Table 6  Number of reference alignments for each RNA family
RNA family   k2   k3   k5   k7   k10   k15  ∑
5S_rRNA  1162  568  288  150  90  50  2308
5_8S_rRNA  76  45  17  5  3  0  146
Cobalamin  188  61  15  4  0  0  268
Entero_5_CRE  48  32  19  10  8  5  122
Entero_CRE  65  38  20  13  8  4  148
Entero_OriR  49  31  17  11  8  4  120
gcvT  167  67  22  12  3  1  272
Hammerhead_1  53  32  9  1  0  0  95
Hammerhead_3  126  99  52  32  17  12  338
HCV_SLIV  98  63  36  26  16  10  249
HCV_SLVII  51  33  19  13  10  7  133
HepC_CRE  45  29  18  11  7  3  113
Histone3  84  59  27  11  7  6  194
HIV_FE  733  408  227  147  98  56  1669
HIV_GSL3  786  464  246  151  95  61  1803
HIV_PBS  188  124  76  55  38  25  506
Intron_gpII  181  82  35  22  11  4  335
IRES_HCV  764  403  205  146  83  47  1648
IRES_Picorna  181  117  75  53  35  25  486
K_chan_RES  124  40  2  0  0  0  166
Lysine  80  48  30  17  7  3  185
Retroviral_psi  89  57  34  24  17  11  232
SECIS  114  67  33  16  11  6  247
sno_14q I_II  44  14  1  0  0  0  59
SRP_bact  114  76  39  19  12  7  267
SRP_euk_arch  122  94  42  21  12  6  297
S_box  91  51  25  12  7  2  188
T-box  18  8  0  0  0  0  26
TAR  286  165  92  62  42  28  675
THI  321  144  69  32  17  5  588
tRNA  2039  1012  461  267  143  100  4022
U1  82  65  26  16  6  0  195
U2  112  83  38  22  14  7  276
U6  30  21  14  7  1  0  73
UnaL2  138  71  43  20  7  0  279
yybP-ykoY  127  64  33  18  12  8  262
∑  8976  4835  2405  1426  845  503  18990