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FA_Top100-Disease 1/2 FirstAuthor Top100 (201811-201910) for diseases MONDO & HPO2.14 KAikoHIRAKI2020-03-25
FirstAuthor10 FirstAuthor104.78 KAikoHIRAKI2019-11-19Developing
FA_Top107-forWeb ※※※ !要データ加工! webリンク用には、この結果を加工して使っています。その他で使われる場合に、末尾記載の問題を別途解決する必要があります。 !要データ加工! ※※※ Top100+本来Top100に入るべきだった7レビューの計、107レビュー中99レビュー。 5414, 6076, 6930, 8403, 9643, 12112, 18544, 18829は、0denotationでドキュメント自体登録していません。 @AikoHIRAKIはtypoを修正したレビューフォルダ。 attributesの詳細はconfig参照。 ※※※ !注意! webリンク側のしばりで、選択文字列は複数のUniProtIDに対応していません。(例)Protein1~Protein7とある場合、 Protein1, 2, 3, 4, 5, 6, 7をさし、かつ全てにUniProtIDがあったとしても、1と7のみUniProtIDをとってきています。 "~"は、Protein2, 3, 4, 5, 6を意味していますが、positionではなく文字列で検索をかけているのと、見せ方の仕様上、これらのIDは全て未取得となっています。⇔GeneProteinでは"~"に2-6のIDsをもたせていました。 該当レビュー;14898(~=MAPK2, MAPK3, MAPK4, MAPK5, MAPK6), 10471(~=Ago2, Ago3) --------------------------------------- (例)ProteinAB...ProteinCD...ProteinB...ProteinDとある場合、 ProteinABは、ProteinAとBというLexical_Cueになっています。ProteinCDも同様に、ProteinCとD。BとDだけでは、このレビュー内ではProteinBやProteinDをさすことが分かるのですが、それ以外で使用する場合に、BとDにそれぞれ該当UniProtIDをあてるのは不適切です。 該当レビュー;11957(β4=itgb4, β1=itgb1, β5=itgb5, β3=itgb3) 他の例が出てきたら順次、ここに記載していきます。当座、これらは削除する必要があります。 attributeで削除フラグをつけるか、Jakeの機能がTextAEに実装されれば解決するか、検討して、何かしら分かるようにしておきます。 (例)ProteinA/B とある場合、 webリンクでは、"ProteinA"にUniProtID-Aを、"/B"にUniProtID-Bをつけています(リンク側のしばり)。webリンク以外で使われる場合には、別プロジェクトのFA_Top100Plus-GeneProteinで行っていたようなRelationを使って、"/B"ではなく、"ProteinB"として、UniProtID-Bと対応させる必要があります。現状のとり方ですと、要Relation箇所は救済出来ません。 Lexical cueには"/B"とありますが、Objectには"ProteinB"と残してあるので、Objectを参照して下さい。 但し、言語処理のようなpositionがご入用な場合には上では対応出来ていません。 該当レビュー;11935(/4=BMP4), 14898(/2=LATS2), 7412(/2=TSC2), 4629(/2=CtBP2) (webリンクでは、レビュー毎に完結しているので、"/B"がそのレビューで他の意味をなしていなければ対応出来るのと、文字列合致でリンクを貼っているためです。) !注意! ※※※ RelationのmergedはTextAEの既存機能で既に出来ます。10.3 KAikoHIRAKI2020-09-01Beta
FA_Top100Plus-Disease 2/2 FirstAuthor Top100+7 for diseases MONDO & HPO246AikoHIRAKI2020-03-25Testing
FA_Top100-Disease-keyword 94AikoHIRAKI2020-03-04Developing
Test-newTextAE 112AikoHIRAKI2020-04-30Testing
CORD-19_HIRAKI HIRAKI Annotation for CORD-192.98 KAikoHIRAKI2020-04-14Testing
FA_108-forWeb 12242,12112, 18829は、0denotationでドキュメント自体登録していない。 @AikoHIRAKIはtypoを修正したレビューフォルダ。50AikoHIRAKI2020-05-02Developing
TestTestTest 36AikoHIRAKI2020-07-06Testing
BLAH6test BLAH6test0AikoHIRAKI2020-03-24Testing
test20191018-2 test20191018-20AikoHIRAKI2020-07-27Testing
FA_PR25 FirstAuthor Protein Ontology 25 entries512AikoHIRAKI2019-11-19Developing
Find2ER Find the Findings of Enzymatic Reaction0Akihiro KamedaAkihiro Kameda2015-02-20Testing
GGDB-2020 1.95 Kangata2020-09-18Developing
Lectin 3.52 Kangata2018-02-09
TextMining-in-bioinformatics TextMining in bioinformatics0Aohnewug2020-04-21Developing
AlvisNLP-Test Project for testing AlviNLP PubAnnotation server during BLAH3.17Bibliome2017-01-20Testing
Test20200205 553BLAH6-Tweets2020-03-03Testing
SNPPhenoExt 3behrouz bokharaeianbokharaeian2016-04-30Developing
Preeclampsia A collection of titles and abstracts of "Preeclampsia"-related papers. They were extracted from PubMed using the MeSH term "Preeclampsia" and specifying the language to be "English, on 11th September, 2017. The texts were then annotated by PubDictionaries using the dictionary "Preeclampsia".58.9 Kcallahan_tiff2019-01-30Developing
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FA_Top100-Disease 2.14 KAikoHIRAKI2020-03-25
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FA_Top107-forWeb 10.3 KAikoHIRAKI2020-09-01Beta
FA_Top100Plus-Disease 246AikoHIRAKI2020-03-25Testing
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Find2ER 0Akihiro KamedaAkihiro Kameda2015-02-20Testing
GGDB-2020 1.95 Kangata2020-09-18Developing
Lectin 3.52 Kangata2018-02-09
TextMining-in-bioinformatics 0Aohnewug2020-04-21Developing
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Preeclampsia 58.9 Kcallahan_tiff2019-01-30Developing