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NameTDescription# Ann.AuthorMaintainerUpdated_atStatus

81-100 / 556 show all
LitCovid-sample-PD-IDO 1.27 KJin-Dong Kim2023-11-28Beta
LitCovid-PAS-Enju Predicate-argument structure annotation produced by the Enju parser.125 KJin-Dong Kim2023-11-28Beta
LitCovid-sample-PD-FMA 1.93 KJin-Dong Kim2023-11-28Beta
LitCovid-sample-PD-UBERON PubDictionaries annotation for UBERON terms - updated at 2020-04-30 It is annotation for anatomical entities based on Uberon. The terms in Uberon are uploaded in PubDictionaries (Uberon), with which the annotations in this project are produced. The parameter configuration used for this project is here. Note that it is an automatically generated dictionary-based annotation. It will be updated periodically, as the documents are increased, and the dictionary is improved. 310Jin-Dong Kim2023-11-28Beta
sonoma2 sonoma29.09 KStandigmchanung2023-11-29Beta
bionlp-st-ge-2016-uniprot UniProt protein annotation to the benchmark data set of BioNLP-ST 2016 GE task: reference data set (bionlp-st-ge-2016-reference) and test data set (bionlp-st-ge-2016-test). The annotations are produced based on a dictionary which is semi-automatically compiled for the 34 full paper articles included in the benchmark data set (20 in the reference data set + 14 in the test data set). For detailed information about BioNLP-ST GE 2016 task data sets, please refer to the benchmark reference data set (bionlp-st-ge-2016-reference) and benchmark test data set (bionlp-st-ge-2016-test). 16.2 KDBCLSJin-Dong Kim2023-11-29Beta
blah6_medical_device BLAH6 hackathon project to annotate medical device indications in premarket approval statement summaries. The documents in this project serve as a corpus of premarket approval (PMA) statements that have undergone quality control. In particular, we have (1) removed non-ascii characters, (2) fixed some text segmentation errors, and (3) fixed some capitalization errors.0Stefano Rensitherightstef2023-11-29Beta
TEST-ChemicalEntity ChemicalEntity : Annotated by PD-MeSH2022_CHEBI_tuned-B827yucca2023-11-29Beta
QFMC_MEDLINE Quaero French Medical Corpus: Annotation of MEDLINE titles5.9 KAurélie NévéolPierre Zweigenbaum2023-11-29Beta
LitCovid-sample-PD-GO-BP-0 708Jin-Dong Kim2023-11-29Beta
LitCovid-sample-PD-NCBITaxon 1.35 KJin-Dong Kim2023-11-29Beta
LitCovid-sample-sentences 2.3 KJin-Dong Kim2023-11-29Beta
LitCovid_Glycan-Motif-Structure PubDictionaries annotation for glycan-Motif terms.6.51 KISSAKU YAMADA2023-11-29Beta
FA_Top107-forWeb ※※※ !要データ加工! webリンク用には、この結果を加工して使っています。その他で使われる場合に、末尾記載の問題を別途解決する必要があります。 !要データ加工! ※※※ Top100+本来Top100に入るべきだった7レビューの計、107レビュー中99レビュー。 5414, 6076, 6930, 8403, 9643, 12112, 18544, 18829は、0denotationでドキュメント自体登録していません。 @AikoHIRAKIはtypoを修正したレビューフォルダ。 attributesの詳細はconfig参照。 ※※※ !注意! webリンク側のしばりで、選択文字列は複数のUniProtIDに対応していません。(例)Protein1~Protein7とある場合、 Protein1, 2, 3, 4, 5, 6, 7をさし、かつ全てにUniProtIDがあったとしても、1と7のみUniProtIDをとってきています。 "~"は、Protein2, 3, 4, 5, 6を意味していますが、positionではなく文字列で検索をかけているのと、見せ方の仕様上、これらのIDは全て未取得となっています。⇔GeneProteinでは"~"に2-6のIDsをもたせていました。 該当レビュー;14898(~=MAPK2, MAPK3, MAPK4, MAPK5, MAPK6), 10471(~=Ago2, Ago3) --------------------------------------- (例)ProteinAB...ProteinCD...ProteinB...ProteinDとある場合、 ProteinABは、ProteinAとBというLexical_Cueになっています。ProteinCDも同様に、ProteinCとD。BとDだけでは、このレビュー内ではProteinBやProteinDをさすことが分かるのですが、それ以外で使用する場合に、BとDにそれぞれ該当UniProtIDをあてるのは不適切です。 該当レビュー;11957(β4=itgb4, β1=itgb1, β5=itgb5, β3=itgb3) 他の例が出てきたら順次、ここに記載していきます。当座、これらは削除する必要があります。 attributeで削除フラグをつけるか、Jakeの機能がTextAEに実装されれば解決するか、検討して、何かしら分かるようにしておきます。 (例)ProteinA/B とある場合、 webリンクでは、"ProteinA"にUniProtID-Aを、"/B"にUniProtID-Bをつけています(リンク側のしばり)。webリンク以外で使われる場合には、別プロジェクトのFA_Top100Plus-GeneProteinで行っていたようなRelationを使って、"/B"ではなく、"ProteinB"として、UniProtID-Bと対応させる必要があります。現状のとり方ですと、要Relation箇所は救済出来ません。 Lexical cueには"/B"とありますが、Objectには"ProteinB"と残してあるので、Objectを参照して下さい。 但し、言語処理のようなpositionがご入用な場合には上では対応出来ていません。 該当レビュー;11935(/4=BMP4), 14898(/2=LATS2), 7412(/2=TSC2), 4629(/2=CtBP2) (webリンクでは、レビュー毎に完結しているので、"/B"がそのレビューで他の意味をなしていなければ対応出来るのと、文字列合致でリンクを貼っているためです。) !注意! ※※※ RelationのmergedはTextAEの既存機能で既に出来ます。10.3 KAikoHIRAKI2023-11-29Beta
Genomics_Informatics Genomics & Informatics (NLM title abbreviation: Genomics Inform) is the official journal of the Korea Genome Organization. Text corpus for this journal annotated with various levels of linguistic information would be a valuable resource as the process of information extraction requires syntactic, semantic, and higher levels of natural language processing. In this study, we publish our new corpus called GNI Corpus version 1.0, extracted and annotated from full texts of Genomics & Informatics, with NLTK (Natural Language ToolKit)-based text mining script. The preliminary version of the corpus could be used as a training and testing set of a system that serves a variety of functions for future biomedical text mining.35.3 KHyun-Seok Parkewha-bio2023-11-29Beta
Age_blah 1.9 Kslee72682023-11-29Beta
Ab3P-abbreviations This corpus was developed during the creation of the Ab3P abbreviation definition identification tool. It includes 1250 manually annotated MEDLINE records. This gold standard includes 1221 abbreviation-definition pairs. Abbreviation definition identification based on automatic precision estimates Sunghwan Sohn, Donald C Comeau, Won Kim and W John Wilbur BMC Bioinformatics20089:402 DOI: 10.1186/1471-2105-9-4022.33 KSunghwan Sohn, Donald C Comeau, Won Kim and W John Wilburcomeau2023-11-29Beta
GoldHamster 285 Kzebet2023-11-29Beta
IMDB-NLP Annotations for chunking and semantic role labeling based on in-memory databases.02016-05-06Uploading
OryzaGP1 A dataset for Named Entity Recognition for rice gene0Huy Do. Pierre Larmande2019-01-31Uploading
NameT# Ann.AuthorMaintainerUpdated_atStatus

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LitCovid-sample-PD-IDO 1.27 KJin-Dong Kim2023-11-28Beta
LitCovid-PAS-Enju 125 KJin-Dong Kim2023-11-28Beta
LitCovid-sample-PD-FMA 1.93 KJin-Dong Kim2023-11-28Beta
LitCovid-sample-PD-UBERON 310Jin-Dong Kim2023-11-28Beta
sonoma2 9.09 KStandigmchanung2023-11-29Beta
bionlp-st-ge-2016-uniprot 16.2 KDBCLSJin-Dong Kim2023-11-29Beta
blah6_medical_device 0Stefano Rensitherightstef2023-11-29Beta
TEST-ChemicalEntity 827yucca2023-11-29Beta
QFMC_MEDLINE 5.9 KAurélie NévéolPierre Zweigenbaum2023-11-29Beta
LitCovid-sample-PD-GO-BP-0 708Jin-Dong Kim2023-11-29Beta
LitCovid-sample-PD-NCBITaxon 1.35 KJin-Dong Kim2023-11-29Beta
LitCovid-sample-sentences 2.3 KJin-Dong Kim2023-11-29Beta
LitCovid_Glycan-Motif-Structure 6.51 KISSAKU YAMADA2023-11-29Beta
FA_Top107-forWeb 10.3 KAikoHIRAKI2023-11-29Beta
Genomics_Informatics 35.3 KHyun-Seok Parkewha-bio2023-11-29Beta
Age_blah 1.9 Kslee72682023-11-29Beta
Ab3P-abbreviations 2.33 KSunghwan Sohn, Donald C Comeau, Won Kim and W John Wilburcomeau2023-11-29Beta
GoldHamster 285 Kzebet2023-11-29Beta
IMDB-NLP 02016-05-06Uploading
OryzaGP1 0Huy Do. Pierre Larmande2019-01-31Uploading