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PubMed_Structured_Abstracts Sections (zones) as retrieved from PubMed.129 Kzebet2020-03-31Released
LitCovid-docs A comprehensive literature resource on the subject of Covid-19 is collected by NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/coronavirus/ The LitCovid project@PubAnnotation is a collection of the titles and abstracts of the LitCovid dataset, for the people who want to perform text mining analysis. Please note that if you produce some annotation to the documents in this project, and contribute the annotation back to PubAnnotation, it will become publicly available together with contribution from other people. If you want to contribute your annotation to PubAnnotation, please refer to the documentation page: http://www.pubannotation.org/docs/submit-annotation/ The list of the PMID is sourced from here The 6 entries of the following PMIDs could not be included because they were not available from PubMed:32161394, 32104909, 32090470, 32076224, 32161394 32188956, 32238946. Below is a notice from the original LitCovid dataset: PUBLIC DOMAIN NOTICE National Center for Biotechnology Information This software/database is a "United States Government Work" under the terms of the United States Copyright Act. It was written as part of the author's official duties as a United States Government employee and thus cannot be copyrighted. This software/database is freely available to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S. Government have not placed any restriction on its use or reproduction. Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy and reliability of the software and data, the NLM and the U.S. Government do not and cannot warrant the performance or results that may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S. Government disclaim all warranties, express or implied, including warranties of performance, merchantability or fitness for any particular purpose. Please cite the authors in any work or product based on this material : Chen Q, Allot A, & Lu Z. (2020) Keep up with the latest coronavirus research, Nature 579:193 0Jin-Dong Kim2020-04-08Released
LitCovid-PubTator 22.6 KJin-Dong Kim2020-04-21Released
Ab3P-abbreviations This corpus was developed during the creation of the Ab3P abbreviation definition identification tool. It includes 1250 manually annotated MEDLINE records. This gold standard includes 1221 abbreviation-definition pairs. Abbreviation definition identification based on automatic precision estimates Sunghwan Sohn, Donald C Comeau, Won Kim and W John Wilbur BMC Bioinformatics20089:402 DOI: 10.1186/1471-2105-9-4022.34 KSunghwan Sohn, Donald C Comeau, Won Kim and W John Wilburcomeau2016-07-29Beta
QFMC_MEDLINE Quaero French Medical Corpus: Annotation of MEDLINE titles5.97 KAurélie NévéolPierre Zweigenbaum2018-01-24Beta
Genomics_Informatics Genomics & Informatics (NLM title abbreviation: Genomics Inform) is the official journal of the Korea Genome Organization. Text corpus for this journal annotated with various levels of linguistic information would be a valuable resource as the process of information extraction requires syntactic, semantic, and higher levels of natural language processing. In this study, we publish our new corpus called GNI Corpus version 1.0, extracted and annotated from full texts of Genomics & Informatics, with NLTK (Natural Language ToolKit)-based text mining script. The preliminary version of the corpus could be used as a training and testing set of a system that serves a variety of functions for future biomedical text mining.35.3 KHyun-Seok Parkewha-bio2018-11-27Beta
blah6_medical_device BLAH6 hackathon project to annotate medical device indications in premarket approval statement summaries. The documents in this project serve as a corpus of premarket approval (PMA) statements that have undergone quality control. In particular, we have (1) removed non-ascii characters, (2) fixed some text segmentation errors, and (3) fixed some capitalization errors.0Stefano Rensitherightstef2020-02-13Beta
FA_Top100Plus-GeneProtein Top100+本来Top100に入るべきだった7レビューの計、107レビュー中101レビュー。 5414, 6076, 6930, 8403, 9643, 18544は、0denotationでドキュメント自体登録していない。 @AikoHIRAKIはtypoを修正したレビューフォルダ。 attributesの詳細はconfigか、doc参照。但し、docはその他のprojectについても書いてある(webリンクの箇所は古い)ので、該当するFA_Top100Plus-GeneProteinのみを参照。 ※※※ !未処理注意! このまま結果が即使える状態ではありません。上を参照にデータ加工下さい。 !未処理注意! ※※※ 済 ※※※ !未処理注意! 18773にtypoが見つかったので、web版から正しいtxtを取り直して、位置を直す必要がある。 !未処理注意! ※※※ 10.6 KAikoHIRAKI2020-06-07Beta
FA_Top107-forWeb ※※※ !要データ加工! webリンク用には、この結果を加工して使っています。その他で使われる場合に、末尾記載の問題を別途解決する必要があります。 !要データ加工! ※※※ Top100+本来Top100に入るべきだった7レビューの計、107レビュー中99レビュー。 5414, 6076, 6930, 8403, 9643, 12112, 18544, 18829は、0denotationでドキュメント自体登録していません。 @AikoHIRAKIはtypoを修正したレビューフォルダ。 attributesの詳細はconfig参照。 ※※※ !注意! webリンク側のしばりで、選択文字列は複数のUniProtIDに対応していません。(例)Protein1~Protein7とある場合、 Protein1, 2, 3, 4, 5, 6, 7をさし、かつ全てにUniProtIDがあったとしても、1と7のみUniProtIDをとってきています。 "~"は、Protein2, 3, 4, 5, 6を意味していますが、positionではなく文字列で検索をかけているのと、見せ方の仕様上、これらのIDは全て未取得となっています。⇔GeneProteinでは"~"に2-6のIDsをもたせていました。 該当レビュー;14898(~=MAPK2, MAPK3, MAPK4, MAPK5, MAPK6), 10471(~=Ago2, Ago3) --------------------------------------- (例)ProteinAB...ProteinCD...ProteinB...ProteinDとある場合、 ProteinABは、ProteinAとBというLexical_Cueになっています。ProteinCDも同様に、ProteinCとD。BとDだけでは、このレビュー内ではProteinBやProteinDをさすことが分かるのですが、それ以外で使用する場合に、BとDにそれぞれ該当UniProtIDをあてるのは不適切です。 該当レビュー;11957(β4=itgb4, β1=itgb1, β5=itgb5, β3=itgb3) 他の例が出てきたら順次、ここに記載していきます。当座、これらは削除する必要があります。 attributeで削除フラグをつけるか、Jakeの機能がTextAEに実装されれば解決するか、検討して、何かしら分かるようにしておきます。 (例)ProteinA/B とある場合、 webリンクでは、"ProteinA"にUniProtID-Aを、"/B"にUniProtID-Bをつけています(リンク側のしばり)。webリンク以外で使われる場合には、別プロジェクトのFA_Top100Plus-GeneProteinで行っていたようなRelationを使って、"/B"ではなく、"ProteinB"として、UniProtID-Bと対応させる必要があります。現状のとり方ですと、要Relation箇所は救済出来ません。 Lexical cueには"/B"とありますが、Objectには"ProteinB"と残してあるので、Objectを参照して下さい。 但し、建石さんのようなpositionがご入用な場合には上では対応出来ていません。 該当レビュー;11935(/4=BMP4), 14898(/2=LATS2), 7412(/2=TSC2), 4629(/2=CtBP2) (webリンクでは、レビュー毎に完結しているので、"/B"がそのレビューで他の意味をなしていなければ対応出来るのと、文字列合致でリンクを貼っているためです。) !注意! ※※※ RelationのmergedはTextAEの既存機能で既に出来ます。10.3 KAikoHIRAKI2020-06-15Beta
AnEM_full-texts 250 documents selected randomly from full-text papers Entity types: organism subdivision, anatomical system, organ, multi-tissue structure, tissue, cell, developing anatomical structure, cellular component, organism substance, immaterial anatomical entity and pathological formation Together with AnEM_abstracts, it is probably the largest manually annotated corpus on anatomical entities.689NaCTeMYue Wang2016-07-27Uploading
CoGe_Citation_Annotations Annotated PMC abstracts+full articles, that cite the "CoGe" papers (PMID: 18952863, 18269575). Total Num Citations: 165 Total Num Unique Citations: 141 Total Num Abstracts: 165 Total Num Whole Articles: 165 0Heather Lenthclent2016-10-11Uploading
OryzaGP1 A dataset for Named Entity Recognition for rice gene0Huy Do. Pierre Larmande2019-01-31Uploading
tagtog OpenAccess annotations coming from tagtog.net0tagtogtagtog2015-02-23Developing
NFkB_GeneID Assignment of Entrez Gene IDs to the gene-references appearing in PMC full texts.2.31 KYo Shidahara2015-02-26Developing
KAIST_NLP_Annotation3 4.73 Kkaist_nlp2015-09-21Developing
KAIST_NLP_Annotation4 5.18 Kkaist_nlp2015-09-21Developing
KAIST_NLP_Annotation5 6.27 Kkaist_nlp2015-09-21Developing
KAIST_NLP_Annotation6 4.47 Kkaist_nlp2015-09-21Developing
KAIST_NLP_Annotation7 4.64 Kkaist_nlp2015-09-21Developing
KAIST_NLP_Annotation9 6.32 Kkaist_nlp2015-09-21Developing
NameT# Ann.AuthorMaintainerUpdated_atStatus

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PubMed_Structured_Abstracts 129 Kzebet2020-03-31Released
LitCovid-docs 0Jin-Dong Kim2020-04-08Released
LitCovid-PubTator 22.6 KJin-Dong Kim2020-04-21Released
Ab3P-abbreviations 2.34 KSunghwan Sohn, Donald C Comeau, Won Kim and W John Wilburcomeau2016-07-29Beta
QFMC_MEDLINE 5.97 KAurélie NévéolPierre Zweigenbaum2018-01-24Beta
Genomics_Informatics 35.3 KHyun-Seok Parkewha-bio2018-11-27Beta
blah6_medical_device 0Stefano Rensitherightstef2020-02-13Beta
FA_Top100Plus-GeneProtein 10.6 KAikoHIRAKI2020-06-07Beta
FA_Top107-forWeb 10.3 KAikoHIRAKI2020-06-15Beta
AnEM_full-texts 689NaCTeMYue Wang2016-07-27Uploading
CoGe_Citation_Annotations 0Heather Lenthclent2016-10-11Uploading
OryzaGP1 0Huy Do. Pierre Larmande2019-01-31Uploading
tagtog 0tagtogtagtog2015-02-23Developing
NFkB_GeneID 2.31 KYo Shidahara2015-02-26Developing
KAIST_NLP_Annotation3 4.73 Kkaist_nlp2015-09-21Developing
KAIST_NLP_Annotation4 5.18 Kkaist_nlp2015-09-21Developing
KAIST_NLP_Annotation5 6.27 Kkaist_nlp2015-09-21Developing
KAIST_NLP_Annotation6 4.47 Kkaist_nlp2015-09-21Developing
KAIST_NLP_Annotation7 4.64 Kkaist_nlp2015-09-21Developing
KAIST_NLP_Annotation9 6.32 Kkaist_nlp2015-09-21Developing