Introducción: la composición corporal es un factor que optimiza el rendimiento del deportista. Además, la densidad mineral ósea nos informa de la rigidez del sistema óseo. Objetivo: el objetivo de este estudio fue analizar las modificaciones en variables de composición corporal y densidad mineral ósea después de un programa de hipoxia intermitente (IHT) de siete semanas de duración. Método: dieciocho triatletas entrenados de género masculino se aleatorizaron en dos grupos para participar en el estudio: grupo de hipoxia intermitente (GIHT: n: 9; 26,0 ± 6,7 años; 173,3 ± 5,9 cm; 66,4 ± 5,9 kg; VO2 max: 59,5 ± 5,0 ml/kg/min) que realizaron su entrenamiento en condiciones de normoxia junto con el programa de hipoxia y un grupo control (GC: n: 9; 29,3 ± 6,8 años; 174,9 ± 4,6 cm; 59,7 ± 6,8 kg; VO2 max: 58,9 ± 4,5 ml/kg/min) que solo realizó el entrenamiento normóxico. El programa de entrenamiento se estandarizó para ambos grupos. El programa de IHT consistió en dos sesiones de 60 minutos de duración a la semana, durante siete semanas. La intensidad fue próxima al umbral anaeróbico del deportista a un FiO2 de 14,5-15% FiO2. Antes y después del programa se analizó la composición corporal y la densidad mineral ósea. Resultados: después del programa de entenamiento existieron diferencias significativas entre el GIHT y el GC en la masa magra de los brazos y la masa grasa de las piernas (p < 0,05). No existieron diferencias significativas entre grupos en la densidad mineral ósea. Conclusión: la aplicación de un programa de IHT unido al entrenamiento normóxico habitual produce una optimización de los parámetros de composición corporal en comparación con el mismo entrenamiento en condiciones normóxicas.